关于基本农田相关问题的处理，这主要涉及到破坏耕地违法行为的处罚与监管。根据《土地管理法》第七十五条的规定，以及新《土地管理法实施条例》的阐释，我们可以明确以下几点：

首先，对于破坏耕地的违法行为，主要由县级以上人民政府自然资源主管部门和农业农村主管部门按照各自职责进行查处。这两个部门在执法过程中需要加强信息沟通和协作，以确保土地执法的有效性和公正性。

具体来说，自然资源主管部门侧重于耕地数量的保护和监管。对于违反《土地管理法》第七十五条规定，如占用耕地建窑、建坟或者擅自在耕地上建房、挖沙、采石、采矿、取土等破坏种植条件的行为，主要由自然资源主管部门负责立案查处。

而农业农村主管部门则主要负责因土地开发造成的土地荒漠化、盐渍化等问题的查处。这些行为虽然不直接破坏耕地的种植条件，但同样对耕地的质量和可持续利用造成严重影响，因此也需要得到及时有效的监管和处罚。

在处理这些违法行为时，两个部门需要遵循法定程序，给予当事人必要的陈述申辩权。对于数额较大的罚款，如果当事人申请听证，相关部门应当举行听证，并严格按照《行政处罚法》的规定进行。

此外，为了确保执法的公正性和透明度，两个部门在处罚标准上需要保持一致，不能畸轻畸重。同时，他们还需要加强沟通协调，信息共享，避免出现对同一违法行为重复处罚或者都不处罚的情况。

总的来说，基本农田相关问题的处理需要自然资源主管部门和农业农村主管部门的共同参与和协作。他们各自承担着不同的职责，但共同的目标是保护耕地资源，维护土地管理的秩序和公正。如果您遇到了相关问题，可以向这两个部门咨询或举报，他们将会根据您的具体情况进行相应的处理。