当企业注销后发现存在违法行为时，法律责任并不会因为企业的注销而消失。相关责任人和主体仍需根据违法行为的性质，承担相应的民事责任、行政责任或刑事责任。以下是对这一问题的详细解答：

一、民事责任方面

1. 若公司清算时已依法履行通知和公告义务：

   • 在这种情况下，如果公司在注销前已经按照法定程序进行了清算，并且清偿了所有已知的债务，那么注销后发现的违法行为所产生的民事责任，通常由股东以其在公司剩余财产分配中所取得的财产为限来承担清偿责任。
   • 法律依据：根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国公司法〉若干问题的规定（二）》第十九条，有限责任公司的股东等在公司解散后恶意处置财产或提供虚假清算报告骗取注销登记的，需对债务承担相应的赔偿责任。

2. 若公司清算时未依法履行通知和公告义务：

   • 如果公司未按照规定履行通知和公告义务，导致债权人未能及时申报债权，那么清算义务人（如股东、董事等）需要对债权人承担赔偿责任。
   • 法律依据：根据《公司法》第一百八十五条，清算组需要在规定的时间内通知债权人并公告，未履行此义务的将承担相应的责任。

二、行政责任方面

• 调查与处罚：公司注销并不影响行政机关对其存续期间的违法行为进行调查和处罚。行政机关可以依法对公司及相关责任人作出行政处罚决定，如罚款、吊销许可证等。
• 责任追究对象：即使公司已经注销，行政机关仍然可以追究法定代表人、直接负责的主管人员和其他直接责任人员的行政责任。

三、刑事责任方面

• 单位犯罪责任：如果公司的违法行为构成犯罪，即使公司已经注销，司法机关仍然会追究相关责任人的刑事责任。在单位犯罪的情况下，除了对单位判处罚金外，还会对直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处刑罚。
• 证据收集与追溯：尽管公司注销可能增加证据收集和调查的难度，但司法机关可以通过调取工商登记档案、财务账目等方式，尽可能还原案件事实，追究犯罪嫌疑人的刑事责任。

综合建议

为了避免注销后发现违法行为所带来的法律风险，公司和相关人员应该在运营期间严格遵守法律法规，建立健全的合规体系。一旦发现违法行为，应立即采取措施进行整改，并主动向相关部门报告，以减轻可能的法律责任。同时，在注销过程中的清算工作也应严格按照法律规定进行，确保通知和公告义务的履行，以避免后续的民事纠纷和法律风险。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律建议，请随时咨询。