在运输合同中，承运人一般不能随意留置不同批次的货物，但在特定条件下，针对不同批次货物中的某一批或某几批行使留置权是可能的。以下是对此问题的详细分析：

一、留置权的基本条件

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，承运人行使留置权需满足以下基本条件：

1. 合法占有货物：承运人必须基于运输合同关系合法占有托运人交付的货物。
2. 债权已届清偿期：托运人或收货人未按照运输合同的约定支付运费、保管费或其他相关费用，且这些费用已到支付期限。
3. 留置货物与债权的关系：留置的货物应与未支付的运费等债权属于同一运输合同关系，但企业之间的运输合同除外。在企业间运输合同中，即使留置的货物与债权不属于同一法律关系，只要符合其他留置权行使条件，也可以行使留置权。

二、针对不同批次货物的留置权行使

1. 同一托运人、同一运输合同下的不同批次货物：

   • 如果不同批次的货物均属于同一托运人，且均基于同一运输合同关系产生，那么在托运人或收货人未支付运费等费用时，承运人可以针对其中一批或某几批货物行使留置权，前提是这些货物的价值与未支付的费用相当。

2. 同一托运人、不同运输合同下的不同批次货物：

   • 如果不同批次的货物虽然属于同一托运人，但分别基于不同的运输合同关系产生，那么承运人通常不能随意留置不同运输合同下的货物。然而，如果某一运输合同下的债权已届清偿期，且托运人或收货人未支付相关费用，承运人可以针对该运输合同下的货物行使留置权。

3. 不同托运人、不同运输合同下的不同批次货物：

   • 在这种情况下，承运人通常不能留置不同托运人的货物，因为留置权是针对特定债务人的特定财产行使的。如果承运人错误地留置了不同托运人的货物，可能会构成侵权，需要承担相应的法律责任。

三、行使留置权的程序和注意事项

1. 通知债务人：承运人在留置货物后，应及时通知托运人或收货人，明确告知债务金额、履行期限等信息，并给予一定的履行期限。
2. 依法处置留置财产：若债务人在通知规定的期限内仍未履行债务，承运人可以与债务人协议以留置财产折价，或者通过拍卖、变卖留置财产所得的价款优先受偿。剩余部分应返还给债务人。
3. 避免不当行使：承运人在行使留置权时，应确保留置的货物价值与未支付的费用相当，避免扣押远超运费价值的货物。
4. 尊重当事人约定：如果运输合同中明确约定不得留置货物，或者法律对某些特定货物的留置有限制性规定，承运人应遵守合同约定和法律规定，不得行使留置权。

四、法律后果

如果承运人错误地留置了货物，或者留置的货物价值远超未支付的费用，可能会面临以下法律后果：

1. 赔偿损失：如果承运人的留置行为给托运人或收货人造成了损失，承运人需要承担相应的赔偿责任。
2. 行政处罚：在某些情况下，承运人的不当留置行为可能违反相关行政法规，面临行政处罚。
3. 刑事责任：如果承运人的留置行为构成犯罪（如盗窃罪、侵占罪等），则需要承担相应的刑事责任。

综上所述，运输合同中承运人能否留置不同批次货物取决于多种因素，包括货物的所有权归属、运输合同关系、债权是否已届清偿期等。在行使留置权时，承运人必须严格遵守法律规定和合同约定，确保留置权的合法、合理行使。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。