在流转租赁协议中，土地面积发生争议时，究竟以四至为准还是以面积为准，这并非一个绝对的问题，而是需要根据具体情况和协议内容来判断。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

一、协议约定优先

1. 明确约定四至：如果流转租赁协议中明确约定了土地的四至（即土地的边界和范围），并且四至的描述清晰、准确，那么在发生争议时，通常应以四至为准。因为四至直接界定了土地的具体位置和范围，是确定土地权属和面积的基础。
2. 明确约定面积：如果协议中明确约定了土地的面积，并且该面积是通过合法测量得出的，那么在争议发生时，面积也是一个重要的参考依据。然而，需要注意的是，面积可能受到测量方法、测量精度等多种因素的影响，因此，在仅以面积为准时，需要确保面积的测量是准确无误的。
3. 同时约定四至和面积：如果协议中同时约定了土地的四至和面积，并且两者之间不存在矛盾或冲突，那么在争议发生时，应同时考虑四至和面积。如果四至和面积之间存在差异，可能需要进一步查明原因，如测量误差、土地形状不规则等，并根据实际情况进行裁决。

二、法律原则与规定

1. 物权法定原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，物权的种类和内容由法律规定。在土地流转租赁中，土地的权属和范围应受到法律的保护。因此，在争议发生时，应依据法律规定和协议约定来确定土地的权属和范围。
2. 诚实信用原则：在签订和履行流转租赁协议时，双方应遵循诚实信用原则。如果一方在协议中故意隐瞒或虚假陈述土地的四至或面积，导致另一方遭受损失的，应承担相应的法律责任。

三、实际操作与建议

1. 详细记录四至和面积：在签订流转租赁协议时，双方应详细记录土地的四至和面积，并附上相关的测量图纸或照片等证据材料。这有助于在争议发生时提供有力的证据支持。
2. 选择专业测量机构：为了确保土地面积的准确性，双方可以选择具有资质的专业测量机构进行测量。测量机构应出具正式的测量报告，并作为协议的附件之一。
3. 及时协商解决争议：在争议发生时，双方应首先尝试通过协商的方式解决争议。如果协商无果，可以寻求第三方调解或仲裁机构的帮助。在必要时，也可以向人民法院提起诉讼。

总结来说，流转租赁协议中土地面积发生争议时，应以协议约定为准。如果协议中明确约定了四至或面积，并且两者之间不存在矛盾或冲突，那么应依据约定来确定土地的权属和范围。如果协议中未明确约定或约定不明确，或者四至和面积之间存在差异，那么需要根据法律规定、诚实信用原则以及实际情况进行综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。