面对公司总经理动手打员工这一严重违法行为，员工应当坚决且冷静地采取一系列措施来维护自己的合法权益。以下是一套详细且有条理的处理方案：

一、首要行动：确保安全与立即报警

1. 确保自身安全：在遭受总经理殴打时，员工应首要考虑自身安全，避免与总经理发生进一步的肢体冲突。应尽快离开危险环境，前往公司其他安全区域或保安室等地方。

2. 立即报警：根据《中华人民共和国治安管理处罚法》的相关规定，殴打他人或故意伤害他人身体的行为将受到法律制裁。员工应立即拨打110报警电话，详细陈述事件经过，并由警方介入调查处理。

二、留存证据与寻求医疗救助

1. 留存证据：

   • 现场证据：如果条件允许，使用手机拍照或录像记录受伤部位、现场情况以及在场人员，以便后续提供证明。
   • 伤情证据：尽快前往医院就诊，详细告知医生受伤原因和经过，进行全面的身体检查，并妥善保管医生出具的诊断证明、病历和检查报告等医疗资料。
   • 证人信息：收集目击同事的联系方式，以便在必要时能够提供证言。

2. 寻求医疗救助：医疗证明不仅是追究法律责任的重要证据，也是后续申请工伤认定或索赔的关键依据。员工应尽快就医，并确保医疗记录的完整性和准确性。

三、向公司内部反映情况与要求处理

1. 向公司内部反映：根据公司组织架构和流程，员工应以书面形式向公司的人力资源部门或相关管理部门报告事件经过，并提交相关证据。明确要求公司对总经理的暴力行为进行严肃处理，并提出合理的诉求，如赔礼道歉、补偿损失等。

2. 要求公司处理：员工有权要求公司对此事进行公正、公开的处理，并保护员工的合法权益不受进一步侵害。如果公司未能妥善处理，员工可以考虑进一步采取法律措施。

四、依法解除劳动合同与索赔

1. 解除劳动合同：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，若用人单位以暴力手段强迫劳动者劳动，劳动者可以立即解除劳动合同，无需事先告知用人单位，并有权要求支付经济补偿金。

2. 提起民事诉讼：如果因总经理的殴打行为导致员工受伤严重，员工可以考虑通过民事诉讼的方式要求总经理承担民事赔偿责任，包括医疗费、误工费、护理费等。在此过程中，员工需要提供充分的证据证明损失与总经理的殴打行为之间存在因果关系。

五、寻求法律帮助与追究责任

1. 咨询专业律师：若公司内部处理结果不满意或员工对法律程序不熟悉，建议寻求专业律师的帮助。律师可以分析案件性质，提供法律建议，并探讨可能的法律途径。

2. 追究刑事责任：若殴打行为严重构成刑事犯罪，员工应积极配合公安机关调查，提供线索和证据，以追究总经理的刑事责任。

总结与建议：

面对公司总经理动手打员工的情况，员工应保持冷静，通过合法、合理的途径维护自己的权益。在整个过程中，保留证据、及时就医、报警并寻求法律援助是至关重要的。同时，建议员工咨询专业律师以获取更具体的法律建议和支持，确保自己的合法权益得到充分保障。