结论：不在工厂上班却拿工资是否违法，需根据具体情况和法律规定来判断。合法情况下可以不发或发放部分工资，但违法虚构劳动关系或侵占单位财产则可能面临法律责任。以下从不同角度进行分析：
一、不违法的情形
合法的协议约定
- 情况说明：当员工处于法定的医疗期内，企业应根据《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》支付病假工资，且不得低于最低工资标准的80%。这是基于劳动合同和法律规定的合法权益。例如，员工因病住院治疗，期间无法上班，但企业仍需按照法律规定支付其病假工资。
- 法律依据：《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第五十九条。
协商一致的待岗安排
- 情况说明：若因企业经营困难等原因与员工协商一致安排待岗，根据《工资支付暂行规定》，在停工、停产的一个工资支付周期内，应按劳动合同规定支付工资；超过此周期且员工未提供正常劳动时，应支付不低于当地最低工资标准一定比例的生活费。例如，企业因市场原因暂时停产，与员工协商后安排待岗，期间企业需支付员工一定的生活费。
- 法律依据：《工资支付暂行规定》第十二条。
履行社会责任的自愿行为
- 情况说明：企业出于人道主义关怀或社会责任，自愿资助特定人员（如贫困学生），这种行为不属于劳动法意义上的工资支付，而是合法的赠予或资助。例如，企业设立奖学金资助贫困学生，这种资助与是否上班无关。
员工违规未上班但公司规章制度有规定
- 情况说明：若员工无故旷工或违反公司规定而未上班，公司应有明确的规章制度进行处罚，如警告、罚款乃至解除劳动合同，但不能简单选择不发工资，因为员工付出劳动即应获得相应报酬。不过，在此情况下，公司可依据规章制度扣减相应工资作为处罚。例如，员工因违反公司规定被罚款，但罚款金额不得超过其当月工资的20%，且扣除后的工资不得低于当地最低工资标准。
- 法律依据：主要依据公司内部的规章制度，但需符合《劳动法》及《劳动合同法》的相关规定。
二、违法的情形及法律后果
虚构劳动关系套取资金
- 情况说明：如果企业与所谓的“员工”不存在真实劳动关系，为了套取国家补贴、骗取贷款或虚增成本等非法目的而虚构员工并发放工资，这种行为涉嫌诈骗或逃税。例如，企业虚构员工名单，骗取国家补贴资金，这种行为将受到法律的严厉制裁。
- 法律后果：
- 诈骗：根据《中华人民共和国刑法》第二百六十六条，可能面临三年以下有期徒刑至无期徒刑及罚金的处罚。
- 逃税：根据《中华人民共和国税收征收管理法》第六十三条，税务机关将追缴税款、滞纳金，并处以罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
侵占单位财产
- 情况说明：企业管理人员利用职务之便，给不存在真实劳动付出的亲友等人员发放工资，将单位资金占为己有，可能构成职务侵占罪。例如，企业管理人员利用职权，给自己的亲友发放工资，实际上这些亲友并未为企业提供劳动。
- 法律后果：根据《中华人民共和国刑法》第二百七十一条，可能面临五年以下有期徒刑至五年以上有期徒刑及没收财产的处罚。
三、总结与建议
处理员工不上班的问题时，企业应遵循相关法律法规，并确保人事管理政策合法合规。对于不同情况应采取不同的处理措施，不能一概而论地选择不发工资。遇到复杂情况或有疑问时，建议直接向我咨询，以确保企业行为的合法性并维护员工的合法权益。