代理公司在不知情情况下报关侵权商品，首先需立即停止相关行为，并积极配合海关调查，同时收集证据证明自身不知情，以减轻或免除法律责任。以下从不同角度详细分析处理方式及法律后果：

一、立即停止报关行为并配合调查

1. 停止报关：一旦发现报关商品可能涉及侵权，代理公司应立即停止相关报关行为，防止侵权行为进一步扩大，减少潜在的法律风险和经济损失。
2. 配合调查：主动向海关说明情况，提供相关证据材料，如合同、发票、授权书等，以证明自身在报关过程中已尽到合理审查义务，对侵权行为并不知情。

二、收集证据证明不知情

1. 审查合同与授权：检查与委托方签订的合同，确认合同中是否明确约定了商品的知识产权状况，以及委托方是否提供了合法的授权文件。
2. 核实商品来源：通过查询商品的生产厂家、品牌信息、商标注册情况等，核实商品的合法来源，确保报关商品并非侵权商品。
3. 保留沟通记录：保存与委托方就商品知识产权状况进行的沟通记录，如邮件、短信、聊天记录等，以证明自身在报关前已对商品的知识产权状况进行了询问和了解。

三、法律后果与责任承担

1. 若证据充分，可免除或减轻责任：根据《中华人民共和国知识产权海关保护条例》及相关法律规定，如果代理公司能够证明自身在报关过程中已尽到合理审查义务，对侵权行为并不知情，且能够提供充分证据支持其主张，那么海关可能会对其免除或减轻行政处罚。
2. 若证据不足，可能面临行政处罚：如果代理公司无法提供充分证据证明自身不知情，或者海关认为其在报关过程中存在疏忽或过失，那么代理公司可能会面临海关的行政处罚，包括罚款、没收侵权商品等。
3. 民事赔偿风险：除了行政处罚外，如果侵权商品给权利人造成了经济损失，代理公司还可能面临民事赔偿的风险。然而，在不知情的情况下，代理公司的赔偿责任可能会受到一定限制，具体取决于法院的判决和实际情况。

四、后续预防措施

1. 加强合同审查：在与委托方签订合同时，应明确约定商品的知识产权状况，并要求委托方提供合法的授权文件。
2. 建立审查机制：建立完善的商品审查机制，对报关商品的知识产权状况进行严格审查，确保报关商品不侵犯任何第三方的知识产权。
3. 培训员工：定期对员工进行知识产权法律培训，提高员工的知识产权意识和法律素养，减少因疏忽或过失导致的侵权风险。

代理公司在遇到此类情况时，应保持冷静，积极应对，并寻求专业法律支持以维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。