合同费用和差旅费用是否需要分开报销，这主要取决于合同的具体约定以及公司内部的财务管理制度。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
合同约定角度：
- 如果合同中明确规定了合同费用和差旅费用需要分开报销，或者对报销方式有特定要求，那么双方应当遵循合同约定进行报销。这是基于合同法的原则，即合同是双方意思表示一致的产物，对双方具有法律约束力。
- 如果合同中没有明确规定报销方式，或者规定较为模糊，那么双方可以协商确定报销方式，或者参考行业惯例和公司内部财务管理制度进行报销。
公司内部财务管理制度角度：
- 许多公司为了规范财务管理，会制定详细的报销制度和流程，其中可能包括合同费用和差旅费用的报销规定。如果公司内部有明确的报销制度，且制度中要求合同费用和差旅费用分开报销，那么员工应当遵循公司制度进行报销。
- 如果公司内部没有明确的报销制度，或者制度中未对合同费用和差旅费用的报销方式作出具体规定，那么员工可以与公司财务部门或相关负责人进行沟通，协商确定报销方式。
实际操作建议：
- 对于员工而言：在报销前，应当仔细阅读合同条款和公司内部报销制度，了解报销的具体要求和流程。如果合同或制度中要求分开报销，那么应当按照要求准备相关报销材料，并分别进行报销。如果合同或制度中未明确规定报销方式，可以与公司财务部门或相关负责人进行沟通，协商确定最合适的报销方式。
- 对于公司而言：为了规范财务管理和避免不必要的纠纷，建议制定明确的报销制度和流程，并在合同中明确约定报销方式。同时，公司应当加强对员工的报销培训，确保员工了解报销制度和流程，并能够按照要求进行报销。
总结来说，合同费用和差旅费用是否需要分开报销，并没有一个固定的答案。它取决于合同的具体约定以及公司内部的财务管理制度。因此，在实际操作中，建议双方根据合同和公司制度进行协商和确定。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见。