核心结论：针对之前合作未签合同、现需补缴款项的情况，合同撰写需重点明确合作内容、款项金额及支付方式、违约责任等关键条款，以保障双方权益。以下是具体撰写建议：

1. 合同标题与双方信息
   合同标题可写为“《补缴款项及合作确认协议》”，明确合同性质。开头需列明双方名称、统一社会信用代码（或身份证号）、联系方式等基本信息，确保主体明确。

2. 合作背景与事实确认
   在合同中设置“鉴于条款”，简要说明双方此前已实际开展合作（如项目名称、服务内容、合作期限等），但未签订书面合同。例如：“鉴于甲乙双方于XX年XX月至XX年XX月期间，就XX项目（或服务）已实际履行合作义务，但未签署书面合同，现双方就补缴款项及后续合作事宜达成如下协议。”

3. 款项补缴条款

   • 金额与支付方式：明确需补缴的款项金额（可附计算明细）、支付时间（如分期支付需列明每期金额及时间节点）、支付方式（银行转账/现金等）。
     
   • 发票与税务：若涉及发票开具，需约定开票时间、税率及发票类型（如增值税专用发票）。
     
   • 逾期责任：设定逾期支付的违约金（如每日万分之五）或赔偿损失条款，以督促履行。

4. 合作内容与权利义务

   • 若需继续合作，需明确后续合作的具体内容（如服务范围、交付标准、验收方式等）。
     
   • 若仅补缴款项、不再合作，可约定“本协议签署后，双方此前合作关系终止，除本协议约定外，互不承担其他责任”。

5. 违约责任与争议解决

   • 违约情形：列举可能违约的行为（如未按时支付款项、未履行合作义务等），并约定对应的违约责任（如赔偿损失、解除合同等）。
     
   • 争议解决：建议选择仲裁或诉讼方式，并明确管辖法院（如甲方所在地法院）或仲裁机构（如XX仲裁委员会），以减少后续纠纷成本。

6. 其他条款

   • 合同生效：约定合同签署方式（如双方签字盖章后生效）及生效日期。
     
   • 合同份数：明确合同一式几份，双方各执几份。
     
   • 附件：若涉及补充材料（如项目清单、付款明细等），可作为合同附件，与主合同具有同等效力。

示例条款（供参考）：
“第二条 款项补缴
2.1 乙方应于本协议签署后5个工作日内，向甲方支付补缴款项人民币XX元（大写：XX元整），支付至甲方指定账户（开户行：XX银行；账号：XX）。
2.2 若乙方未按期支付，每逾期一日，应按未付金额的万分之五向甲方支付违约金；逾期超过15日的，甲方有权解除本协议并要求乙方赔偿全部损失。”

注意事项：

• 合同内容需根据实际合作情况调整，避免模板化套用。
  
• 签署前建议双方对合同条款进行充分沟通，确保无歧义。
  
• 若涉及大额款项或复杂合作，可委托律师审核合同，降低法律风险。
  

如有具体合作细节或条款需求，可直接向我咨询，我会结合实际情况提供进一步建议。