结论：在甲方租房合同丢失但乙方承认合同存在且房子不再使用的情况下，甲方可以通过与乙方协商、收集证据、考虑法律途径等方式来处理此事，具体取决于双方的合作态度和实际情况。以下是从不同角度给出的详细分析：
一、与乙方协商
协商内容：
- 甲方可以与乙方就租赁合同的终止事宜进行协商，明确双方的权利和义务，包括房屋的返还、租金的结算、押金的处理等。
- 由于甲方合同丢失，但乙方承认合同存在，双方可以基于诚信原则，共同确认合同的主要条款，并达成书面或口头的终止协议。
协商优势：
- 协商是解决纠纷最快捷、最经济的方式，可以避免不必要的法律诉讼和费用。
- 通过协商，双方可以保持友好关系，为未来的合作留下可能性。
二、收集证据
证据类型：
- 甲方可以收集与租赁合同相关的其他证据，如租金支付记录、房屋交接单、通信记录等，以证明租赁关系的存在和终止情况。
- 如果可能的话，甲方还可以尝试从乙方处获取合同的复印件或照片，作为辅助证据。
证据作用：
- 证据是支持甲方主张的关键，可以在协商不成或法律诉讼中起到决定性作用。
- 充分的证据可以增加甲方在纠纷处理中的主动权。
三、考虑法律途径
法律途径选择：
- 如果协商无果，甲方可以考虑通过法律途径解决纠纷，如向法院提起诉讼或申请仲裁。
- 在选择法律途径时，甲方需要评估诉讼成本、时间成本以及胜诉的可能性。
法律程序：
- 如果提起诉讼，甲方需要准备起诉状、证据材料等，并按照法院的要求参与诉讼程序。
- 在诉讼过程中，甲方需要积极举证、质证，以维护自己的合法权益。
法律后果：
- 如果法院判决甲方胜诉，乙方需要按照判决履行义务，如返还房屋、支付租金等。
- 如果甲方败诉，则需要承担相应的法律责任，如支付诉讼费用等。
四、特殊情况处理
乙方不配合：
- 如果乙方不承认合同存在或拒绝协商，甲方可以通过法律途径解决纠纷，并同时收集更多证据以支持自己的主张。
合同条款不明确：
- 如果合同条款存在模糊或不明确的地方，甲方可以与乙方协商补充协议或寻求法律解释，以明确双方的权利和义务。
建议：在处理此类纠纷时，甲方应保持冷静、理性，积极与乙方沟通协商，并收集充分的证据以支持自己的主张。如果协商无果或遇到复杂情况，建议甲方及时咨询专业律师（即我本人，周亚东律师，专注于刑事辩护、合同纠纷领域），以获取更具体的法律建议和帮助。