事业单位职工病假两个多月，其工资是否扣发需根据具体情况及国家相关法律法规来确定，但通常情况下，病假在两个月以内的，原工资照发，不扣基本工资。以下是对此问题的详细分析：
一、病假工资的基本规定
病假在两个月以内：
- 根据《国家机关工作人员病假期间生活待遇的规定》及相关政策，事业单位职工病假在两个月以内的，原工资（包括基本工资、岗位工资、薪级工资等固定部分）照发，不扣基本工资。但单位可能根据内部规定扣发部分或全部的津贴、补贴和奖金。这些津贴、补贴和奖金通常与出勤情况、工作表现等挂钩，因此病假期间可能会受到影响。
病假超过两个月的情况（虽用户未直接询问，但为全面理解提供信息）：
- 从第三个月起，工作年限10年及以下的，发给本人基本工资的90%；工作年限11年及以上的，原工资照发（即100%）。同样，津贴、补贴和奖金可能根据出勤情况被扣发。
- 若病假超过六个月，从第七个月起，工作年限10年及以下的，发给本人基本工资的70%；工作年限11年至20年的，发给本人基本工资的80%。长期病假期间，单位通常会停发各类津贴、补贴和奖金。
二、特殊情况下的病假工资
- 某些事业单位可能因其性质、行业特点或与职工签订的具体合同协议，对病假工资的发放有特别约定。这些约定可能更为严格或宽松，需具体查看合同条款或单位规章制度。例如，有些单位可能规定病假期间只发放基本工资，不发放任何津贴、补贴和奖金；而有些单位则可能根据病假时间长短和职工工作年限，制定更为细致的工资发放标准。
三、病假期间的注意事项
提供医疗证明：
- 职工在请病假前，应出示医院的疾病证明，以证明其确实因病需要请假。无故请病假者，用人单位有权驳回申请，并可能根据单位规章制度进行相应处理。
遵循请假程序：
- 员工应按照单位的请假程序进行请假，并提供相应的医疗证明等材料。单位也应根据相关规定和员工的实际情况，合理处理病假工资问题。若单位未按照规定支付病假工资，员工有权向单位的人事部门或相关管理部门咨询和反映，以维护自己的合法权益。
了解单位规章制度：
- 不同的事业单位可能有不同的规章制度和劳动合同约定，因此病假工资的发放标准也可能存在差异。员工在请病假前，应了解所在单位的规章制度和劳动合同中的相关约定，以便更好地维护自己的权益。
四、建议与指导
- 若您对病假工资的扣除有异议，建议首先查阅所在事业单位的规章制度和劳动合同，了解病假期间的工资支付方式及标准。
- 若规章制度或劳动合同中未明确说明，可咨询单位的人力资源部门或相关部门负责人，以获取具体的扣发信息。
- 若单位未按照规定支付病假工资，您有权向单位提出异议，并要求单位按照相关规定支付病假工资或疾病救济费。若单位拒绝支付或处理不当，您可向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
综上所述，事业单位职工病假两个多月时，其工资是否扣发需根据具体情况及国家相关法律法规来确定。在大多数情况下，病假在两个月以内的原工资照发，但津贴、补贴和奖金可能根据单位规定受到一定影响。若您对此有进一步疑问或需要具体指导，请直接向我咨询。