信用社在农村集体土地上建房并在国土部门登记不动产权是否合法，需分情况讨论：

1. 若信用社建房行为符合法定程序且土地性质允许
   根据《民法典》及《土地管理法》，农村集体土地需经法定程序（如征收、集体经营性建设用地入市等）转为国有建设用地后，方可用于非农业建设。若信用社通过合法途径取得土地使用权（如与集体经济组织签订入市协议、完成土地征收补偿并获得国有土地使用权证），且建房行为符合规划许可、施工许可等要求，则其后续办理不动产权登记的行为合法。此时登记的不动产权受法律保护。

2. 若信用社未履行法定程序或土地性质不符
   若信用社直接在未依法征收或未通过集体经营性建设用地入市程序的集体土地上建房，即使后续办理了不动产权登记，该登记也可能因基础行为违法而被撤销。具体情形包括：

   • 土地性质未变更：集体土地未依法转为国有土地，直接用于非农业建设（如建房），违反《土地管理法》第四十四条（非农建设占用农用地需办理转用审批）及第六十三条（集体经营性建设用地入市需符合规划并经依法登记）；
     
   • 登记程序瑕疵：若国土部门在登记时未严格审查土地权属来源、规划许可等材料，导致登记内容与实际情况不符，信用社虽取得证书，但可能因登记错误被依法更正或注销。

建议行动：

• 若您是集体经济组织成员或利害关系人，可先核查信用社建房是否取得合法用地手续（如国有土地使用权证、集体经营性建设用地入市批准文件）及规划许可；
  
• 若发现违法用地或登记瑕疵，可向当地自然资源部门申请信息公开或提起行政复议/诉讼，要求撤销违法登记；
  
• 若信用社行为合法，但您对土地补偿、权益分配有争议，可依据《土地管理法》第四十七条（征收补偿标准）或集体经济组织章程主张权利。
  

如有进一步细节需分析，可直接向我咨询。