结论前置：在案子结了之后，双方自愿放弃余款并重新签订协议，这样的协议通常是有效的，但需满足一定的条件。以下从多个角度进行分析：

1. 协议的有效性基础：

   • 自愿原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体从事民事活动，应当遵循自愿原则，按照自己的意思设立、变更、终止民事法律关系。因此，双方自愿放弃余款并重新签订协议，是协议有效的前提。
   • 合法合规：协议的内容必须合法，不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得违背公序良俗。如果协议内容合法，且双方意思表示真实，那么该协议就是有效的。

2. 协议的具体内容：

   • 明确放弃余款：协议中应明确双方同意放弃余款，并对此进行详细描述，以避免未来可能出现的争议。
   • 其他条款：除了放弃余款外，协议中还可以包含其他条款，如双方的权利义务、违约责任等。这些条款应明确、具体，以便在协议履行过程中有章可循。

3. 协议的签订与履行：

   • 签订形式：协议可以以书面形式签订，也可以以口头形式达成，但为了证明协议的存在和内容，建议采用书面形式。书面协议应由双方签字或盖章确认。
   • 履行义务：协议签订后，双方应按照协议约定履行各自的义务。如果一方未履行或未完全履行义务，另一方有权要求其承担违约责任。

4. 可能存在的风险与防范：

   • 风险：虽然双方自愿签订协议，但仍可能存在一方反悔或协议内容存在瑕疵等风险。例如，一方可能以协议存在欺诈、胁迫等情形为由主张协议无效或可撤销。
   • 防范：为了防范这些风险，建议在签订协议前进行充分的沟通和协商，确保双方对协议内容有清晰、一致的理解。同时，可以寻求专业律师的帮助，对协议进行审查和修改，以确保协议的合法性和有效性。

特殊情况说明：

• 如果原案子涉及刑事犯罪或涉及公共利益等特殊情况，那么双方放弃余款并重新签订协议的行为可能受到更多限制和监管。在这种情况下，建议咨询专业律师以获取更具体的法律意见。

总结与建议：

• 双方自愿放弃余款并重新签订协议，在符合自愿原则、合法合规的前提下，通常是有效的。但为了确保协议的合法性和有效性，建议采用书面形式签订协议，并在签订前进行充分的沟通和协商。如有需要，可以寻求专业律师的帮助。
• 如果您在协议签订或履行过程中遇到任何问题或争议，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见和帮助。