针对您提出的“公司员工职务犯罪怎么处理”这一问题，我将从司法程序处理和企业内部处理两个方面，为您进行详细且深入的解答。
一、司法程序处理
员工职务犯罪，一旦涉及刑事法律，就必须严格按照司法程序来处理。这主要包括以下几个阶段：
立案阶段：
- 当企业发现员工存在职务犯罪行为，如职务侵占、挪用资金等，应立即向公安机关报案。
- 公安机关在收到报案材料后，会进行审查，确认有犯罪事实且属于其管辖范围后，会决定立案。
侦查阶段：
- 公安机关会展开全面的调查取证工作，这包括询问证人、讯问犯罪嫌疑人、查询银行账户等。
- 根据案件的具体情况，公安机关可能会采取拘传、取保候审、监视居住、拘留、逮捕等强制措施。
审查起诉阶段：
- 公安机关侦查终结后，会将案件移送人民检察院审查起诉。
- 人民检察院会对案件进行全面审查，包括证据的合法性、犯罪事实的清晰度等。
- 如果检察院认为证据确实、充分，应追究刑事责任，那么它会向人民法院提起公诉。
审判阶段：
- 人民法院会开庭审理案件，公诉人会指控犯罪事实，被告人及其辩护人则进行辩护。
- 法院会根据庭审情况和法律规定，对被告人作出有罪或无罪的判决，并判处相应的刑罚。
二、企业内部处理
除了司法程序处理外，企业还需要从内部管理角度对员工职务犯罪进行处理，以维护企业的权益和秩序。
初步应对：
- 一旦发现员工有职务犯罪嫌疑，企业应立即对其进行停职处理，以防止损害进一步扩大。
- 同时，企业应成立专门的调查小组，开展内部调查，收集相关证据。
人事处理：
- 根据犯罪情节的轻重，企业可以给予员工警告、降职或解除劳动合同等处分。
- 在解除劳动合同时，企业必须确保程序合法合规，以避免劳动纠纷。
经济损失追讨：
- 如果员工职务犯罪给企业造成了经济损失，企业有权要求其进行赔偿。
- 企业可以通过协商或民事诉讼等途径来追讨经济损失。
管理制度完善：
- 企业应对内部管理制度进行全面审查，特别是财务管理、审批流程、内部审计等方面。
- 企业应加强关键岗位的监督和制约，建立健全预防机制，以防止职务犯罪再次发生。
三、综合建议
- 评估犯罪严重程度：针对具体的职务犯罪案例，企业应首先评估犯罪的严重程度和涉及金额，以决定处理策略。
- 保持与司法机关沟通：在处理过程中，企业应保持与司法机关的密切沟通，确保处理措施的合法性和有效性。
- 加强预防和教育：企业应深刻反思管理漏洞，及时改进和完善相关制度，同时加强对员工的法制教育和职业道德教育，从源头上减少职务犯罪的发生。
综上所述，公司员工职务犯罪的处理是一个复杂而细致的过程，需要企业综合考虑司法程序和企业内部管理两个方面。希望以上解答能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。