房地产开发有限公司的还款协议用地下车库抵押，在符合法定条件的情况下是有效的。以下从多个角度进行分析：
一、抵押合同的生效要件
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，抵押合同的生效需要满足以下条件：
- 主体合格：抵押人必须是依法对抵押物享有所有权或者处分权的主体。在房地产开发有限公司作为抵押人的情况下，需要确认该公司是否对地下车库拥有合法的所有权或处分权。
- 意思表示真实：抵押合同必须是双方真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫等情形。
- 内容合法：抵押合同的内容必须合法，不得违反法律、行政法规的强制性规定，不得违背公序良俗。
- 形式合法：虽然抵押合同一般不需要特定的形式，但如果法律、行政法规规定或者当事人约定采用书面形式订立合同的，应当采用书面形式。在涉及不动产抵押的情况下，通常建议采用书面形式，并办理抵押登记。
二、地下车库作为抵押物的特殊性
地下车库作为不动产，其抵押需要满足特定的条件：
- 产权清晰：地下车库必须具有明确的产权归属，且抵押人必须对该车库拥有合法的所有权或处分权。如果地下车库存在产权纠纷或权属不清的情况，将影响抵押合同的效力。
- 可抵押性：根据法律规定，可以抵押的财产包括建筑物和其他土地附着物等。地下车库作为建筑物的一部分，通常具有可抵押性。但需要注意的是，如果地下车库属于人防工程等特殊性质的车库，其抵押可能受到限制。
- 抵押登记：根据《中华人民共和国民法典》的规定，以建筑物抵押的，应当办理抵押登记。抵押权自登记时设立。因此，如果房地产开发有限公司用地下车库作为抵押物，必须办理抵押登记手续，否则抵押权将无法设立。
三、实际操作中的注意事项
- 尽职调查：在签订抵押合同前，应对抵押物的产权状况、使用状况、是否存在纠纷等进行尽职调查，以确保抵押物的合法性和可抵押性。
- 合同条款：抵押合同应明确约定抵押物的名称、数量、质量、状况、所在地、所有权归属或者使用权归属等事项，以及抵押担保的范围、期限等条款。
- 登记手续：及时办理抵押登记手续，确保抵押权的设立和生效。
- 风险防控：在抵押期间，应密切关注抵押物的状况变化，及时采取措施防范风险。例如，如果抵押物出现损坏、灭失等情况，应及时与抵押人协商处理或采取法律手段维护自身权益。
四、法律后果
如果房地产开发有限公司用地下车库作为抵押物签订的还款协议符合法定条件且已办理抵押登记手续，那么该抵押合同是有效的。在债务人不履行到期债务或者发生当事人约定的实现抵押权的情形时，债权人有权就该抵押物优先受偿。反之，如果抵押合同存在无效情形或未办理抵押登记手续，则抵押权可能无法设立或受到限制。
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