村委会欠款能否起诉村经济专业合作社，需分情况讨论，具体如下：
若欠款主体明确为村委会，且与村经济专业合作社无直接关联
- 法律关系分析：在此情况下，村委会作为独立的民事主体，其欠款行为应由村委会自身承担法律责任。村经济专业合作社作为另一个独立的民事主体，若未参与欠款行为或未从中受益，则不应被牵涉进该欠款纠纷中。
- 起诉对象选择：因此，若欠款主体明确为村委会，你应直接起诉村委会，而非村经济专业合作社。起诉时，需收集充分证据证明村委会的欠款事实，如合同、协议、借条、交易凭证等，并明确管辖法院，撰写并提交起诉状及相关证据材料。
若欠款行为涉及村经济专业合作社，或村经济专业合作社与村委会存在财产混同、人格混同等情形
- 法律关系分析：在此情况下，若村经济专业合作社实际参与了欠款行为，或与村委会存在财产、人格上的混同，导致无法区分各自财产和责任，则可能构成共同债务人或需承担连带责任。
- 起诉对象选择：此时，你可以考虑将村委会和村经济专业合作社作为共同被告提起诉讼。在起诉时，需收集证据证明村经济专业合作社的参与情况或与村委会的混同情形，如资金往来记录、财产分配协议、会议记录等。
- 特殊情形处理：若村经济专业合作社为村委会出资设立，且存在人格混同（如财务、人员、业务等高度混同），在村委会无法清偿债务时，你可能还可以依据相关法律规定，要求村经济专业合作社承担连带责任。但这一情形需具体分析，并需充分证据支持。
针对起诉流程与注意事项的补充说明：
- 起诉流程：无论起诉村委会还是村经济专业合作社，起诉流程均包括收集证据、确定管辖法院、撰写起诉状、提交起诉材料并立案、参与案件审理以及判决后的执行与后续措施等步骤。
- 证据收集：在起诉过程中，证据的收集至关重要。你应尽可能收集与欠款事实相关的所有证据，包括书面文件、交易凭证、沟通记录等，以形成完整的证据链。
- 法律咨询：由于法律问题具有复杂性和专业性，建议在起诉前咨询专业律师，以获取更具体、更专业的法律建议。我可以为你提供债务债权领域的专业法律咨询，帮助你更好地维护自身权益。
总结与建议：
村委会欠款能否起诉村经济专业合作社，需根据欠款主体、欠款行为是否涉及村经济专业合作社以及是否存在财产混同、人格混同等情形进行具体分析。在起诉前，建议你充分收集证据，明确起诉对象，并咨询专业律师以获取更具体的法律建议。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。