公司恶意限制员工车辆，员工可采取以下措施维护自身权益：

1. 核查公司规定合法性
   首先需确认公司限制员工车辆的规定是否合法。根据《劳动合同法》及相关劳动法规，公司规章制度需满足三个条件：内容合法（不违反法律强制性规定）、程序民主（经职工代表大会或全体职工讨论协商）、公示告知（明确告知员工）。若公司规定未满足上述条件，员工有权拒绝执行。例如，公司单方面禁止员工车辆进入厂区但未提供替代停车方案，且未通过民主程序制定，则该规定可能因违法而无效。

2. 与公司协商解决
   若规定合法但存在不合理性（如限制范围过广、执行方式粗暴），员工可优先通过协商解决。建议以书面形式向公司提出异议，明确指出规定中不合理或违法的部分，并要求公司调整。例如，若公司以“优化管理”为由限制员工车辆，但未提供公共交通补贴或就近停车指引，员工可要求公司补充合理措施。协商时注意保留书面沟通记录（如邮件、微信聊天记录），作为后续维权证据。

3. 向劳动监察部门投诉
   若协商无果，员工可向当地劳动保障监察大队投诉。根据《劳动保障监察条例》，劳动监察部门有权对公司违法行为进行查处，包括责令改正、罚款等。投诉时需提交以下材料：身份证明、劳动关系证明（如劳动合同）、公司限制车辆的证据（如规定文件、现场照片、录音录像）、协商记录等。劳动监察部门调查后，若认定公司违法，会出具《劳动保障监察限期整改指令书》，要求公司纠正。

4. 申请劳动仲裁或提起诉讼
   若公司拒不整改，员工可申请劳动仲裁，主张公司行为侵犯合法权益（如限制人身自由、未提供劳动条件等），要求公司停止侵权、赔偿损失。仲裁裁决后，若公司仍不履行，员工可向法院申请强制执行。若争议涉及财产损失（如因车辆限制导致的额外交通费用），员工可直接向法院提起民事诉讼，要求公司赔偿。诉讼时需注意诉讼时效（一般为3年），并准备充分证据（如损失计算依据、因果关系证明）。

补充建议：

• 保留证据是关键，包括公司规定文件、限制车辆的通知、协商记录、损失凭证等，建议通过拍照、录音、公证等方式固定证据。
  
• 若公司行为涉及侵犯人格权（如辱骂、威胁员工），员工可依据《民法典》第1010条主张精神损害赔偿。
  
• 群体性争议（如多名员工被限制车辆）可推选代表处理，降低维权成本。
  

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