结论前置：水果店销售散装食品，若存在违反食品安全相关法律法规的行为，相关部门是可以直接对其进行处罚的，这种处罚是合法的。以下从多个角度进行分析：

一、法律依据与处罚合法性

根据《中华人民共和国食品安全法》的相关规定，食品生产经营者应当依照法律、法规和食品安全标准从事生产经营活动，保证食品安全，诚信自律，对社会和公众负责，接受社会监督，承担社会责任。对于销售散装食品的水果店而言，如果其销售的散装食品不符合食品安全标准，或者存在其他违反食品安全法律法规的行为，如未按规定标明食品的名称、生产日期、保质期等信息，或者食品存在过期、变质等情况，那么相关部门（如市场监督管理部门）是有权依据法律法规对其进行处罚的。这种处罚是合法的，旨在维护食品安全秩序，保护消费者的合法权益。

二、处罚的具体情形与程序

1. 处罚情形：

   • 销售不符合食品安全标准的散装食品；
   • 未按规定标明散装食品的相关信息；
   • 销售过期、变质的散装食品；
   • 其他违反食品安全法律法规的行为。

2. 处罚程序：

   • 相关部门在发现水果店存在上述违法行为后，会依法进行调查取证；
   • 根据调查结果，如果确认水果店存在违法行为，相关部门会依法作出处罚决定；
   • 处罚决定通常包括警告、罚款、没收违法所得、责令停业整顿等措施；
   • 水果店如果对处罚决定不服，可以依法申请行政复议或者提起行政诉讼。

三、水果店的应对措施与建议

1. 加强食品安全管理：水果店应建立健全食品安全管理制度，确保销售的散装食品符合食品安全标准；
2. 完善标签标识：按照规定标明散装食品的名称、生产日期、保质期等信息，方便消费者了解食品情况；
3. 定期检查库存：定期对库存的散装食品进行检查，及时清理过期、变质的食品；
4. 积极配合监管：在相关部门进行监督检查时，水果店应积极配合，如实提供相关资料和信息；
5. 寻求法律帮助：如果水果店对处罚决定有异议，或者遇到其他法律问题，可以及时向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。

总结与建议：水果店销售散装食品时，必须严格遵守食品安全相关法律法规，确保食品的质量和安全。如果存在违法行为，相关部门是有权直接对其进行处罚的，这种处罚是合法的。因此，水果店应加强食品安全管理，完善标签标识，定期检查库存，并积极配合监管部门的监督检查。如果遇到法律问题或对处罚决定有异议，可以及时向我咨询，我会提供专业的法律帮助。