农村土地租赁合同中手写约定三倍赔偿条款，在符合法定条件时有效，但需结合具体情形判断。以下从不同角度展开分析：

1. 合同形式与条款效力
   根据《民法典》第四百九十条，手写条款与打印条款具有同等法律效力，只要双方签字确认且内容不违反法律强制性规定。因此，若三倍赔偿条款是双方真实意思表示（如无欺诈、胁迫），且未超出合理范围（如未显失公平），则该条款有效。例如：因承租方擅自改变土地用途导致违约，合同约定按实际损失三倍赔偿，通常会被支持。

2. 赔偿限额的合法性
   若三倍赔偿明显高于实际损失，可能被认定为“过分高于造成的损失”。根据《民法典》第五百八十五条，法院或仲裁机构可依申请调整赔偿金额至实际损失的130%以内（参考《最高人民法院关于审理商品房买卖合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》中类似规则）。例如：土地年租金为1万元，因轻微违约约定赔偿3万元，可能被调减。

3. 土地用途与法律限制
   若土地为耕地，根据《土地管理法》第三十七条，禁止擅自改变用途（如转为建设用地）。若合同约定“改变用途需三倍赔偿”，该条款因违反法律强制性规定而无效，但不影响合同其他部分效力。此时违约方仍需承担实际损失赔偿责任，但无法按三倍主张。

4. 程序性要求
   手写条款需满足：

   • 双方签字/盖章确认；
     
   • 条款内容清晰无歧义；
     
   • 未与合同其他条款冲突。
     若手写部分系事后添加且未经双方确认（如单方涂改），则该条款无效。

建议：

• 签订合同时，建议对赔偿条款明确计算方式（如“按实际损失的X倍计算”）；
  
• 若赔偿金额较高，可约定“以实际损失为限，最高不超过X元”以平衡风险；
  
• 发生纠纷时，保留土地现状照片、租金支付记录等证据，便于主张权利。
  

如有具体合同条款或纠纷细节，可进一步向我咨询。