农村农田承包手写协议在符合法定条件时有效。具体分析如下：

1. 协议形式与内容合法性
   根据《民法典》第469条，合同形式包括书面、口头或其他形式，手写协议属于书面合同范畴，形式合法。但需满足以下实质要件：

   • 主体适格：承包方与发包方需具备完全民事行为能力，且发包方应为农村集体经济组织、村委会或村民小组等法定主体。
     
   • 内容合法：协议需明确承包期限（不得超过法定30年上限）、土地用途（仅限农业种植）、承包费用及支付方式等核心条款，且不得违反《农村土地承包法》第19条关于“承包方案需经村民会议三分之二以上成员同意”等强制性规定。
     
   • 意思表示真实：协议需双方自愿签署，不存在欺诈、胁迫或重大误解等情形。

2. 协议效力瑕疵风险

   • 未履行法定程序：若承包方案未经民主议定程序（如村民会议表决），可能因违反《农村土地承包法》第19条被认定为无效。
     
   • 内容违法：如协议约定将农田用于非农建设（如建房、挖矿），或承包期限超过30年，超出部分无效。
     
   • 主体不适格：若发包方无权处分土地（如未经授权的村民小组擅自发包），协议可能因无权代理或无权处分被撤销或确认无效。

3. 实务建议

   • 程序合规：签署前确保承包方案经村民会议或村民代表会议表决通过，并留存会议记录等证据。
     
   • 内容明确：协议中需载明土地位置、面积、四至界限、承包期限、用途、费用及支付方式等关键信息，避免模糊表述。
     
   • 备案登记：根据《农村土地承包法》第24条，承包合同自成立之日起生效，但建议向乡镇人民政府农村土地承包管理部门备案，以增强协议对抗第三人的效力。
     
   • 证据留存：保留协议原件、身份证明、土地权属证明、缴费凭证等材料，以防纠纷时举证。

总结：手写协议本身不影响效力，但需严格审查主体、内容及程序合法性。若存在效力瑕疵，可能面临被撤销或确认无效的风险。建议签署前咨询专业律师对协议进行合规审查。