合村并居搬迁后原住房归集体所有是否合法，需根据具体情况及当地政策、法律法规综合判断，但通常情况下，若符合法定程序和条件，这一做法是合法的。以下从不同角度进行分析：
一、法律依据与政策导向
土地管理法相关规定：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，农村集体土地属于集体所有，农民对宅基地仅享有使用权，而非所有权。因此，在合村并居搬迁过程中，原住房所在的宅基地使用权可能会因搬迁而发生变化，但土地所有权仍归集体所有。
政策导向：
- 合村并居是农村改革和城乡一体化发展的重要举措，旨在优化农村布局、提高土地利用效率、改善农民居住条件。在搬迁过程中，政府通常会制定相关政策，明确原住房的处置方式，包括是否归集体所有、是否给予补偿等。
二、合法性判断的关键因素
搬迁程序的合法性：
- 合村并居搬迁必须遵循法定程序，包括村民会议或村民代表会议讨论决定、政府批准、签订搬迁协议等。若搬迁程序合法，且搬迁协议中明确约定了原住房归集体所有，则这一做法是合法的。
补偿安置的合理性：
- 在搬迁过程中，政府或集体应给予农民合理的补偿安置，包括住房补偿、土地补偿、搬迁补助等。若补偿安置合理，且农民自愿接受，则原住房归集体所有不会损害农民的合法权益。
农民意愿的尊重：
- 合村并居搬迁应充分尊重农民的意愿，不得强制搬迁或侵犯农民的合法权益。若农民对原住房归集体所有有异议，应通过协商、调解或法律途径解决。
三、可能存在的法律风险与防范
法律风险：
- 若搬迁程序不合法、补偿安置不合理或未尊重农民意愿，可能导致农民对原住房归集体所有的决定产生异议，进而引发法律纠纷。
防范措施：
- 政府或集体在搬迁前应制定详细的搬迁方案，明确搬迁程序、补偿安置标准等，并充分征求农民的意见和建议。
- 搬迁过程中应确保程序公开透明，保障农民的知情权、参与权和监督权。
- 若农民对搬迁决定有异议，应及时进行协商、调解或提供法律援助，避免矛盾激化。
四、实际案例与启示
- 在某些地区的合村并居搬迁实践中，政府或集体通过制定合理的搬迁方案和补偿安置标准，成功实现了原住房归集体所有的目标，同时改善了农民的居住条件和生活环境。
- 这些案例表明，只要搬迁程序合法、补偿安置合理且尊重农民意愿，原住房归集体所有是可行的且合法的。
总结与建议：合村并居搬迁后原住房归集体所有是否合法，需根据具体情况及当地政策、法律法规综合判断。若您面临此类问题，建议首先了解当地的搬迁政策和法律法规，确保搬迁程序合法、补偿安置合理且尊重您的意愿。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。