核心结论：若农村土地承包经营权登记在母亲名下，但实际应属于妻子或夫妻共同享有，可通过协商、行政程序变更登记或诉讼途径解决，具体需结合实际情况选择合适方式。以下是详细分析：

一、明确土地承包经营权的权属基础

根据《农村土地承包法》及相关司法解释，农村土地承包经营权以家庭承包方式取得时，以户为单位进行承包，家庭成员对承包地享有共同权益。若妻子作为家庭成员之一，对承包地有合法权属（如因结婚迁入户籍并参与承包地分配），即使登记在母亲名下，也不影响其实际权益。但若土地承包经营权系母亲个人承包（如母亲单独承包或承包时妻子未纳入家庭户），则需区分权属来源。

二、分情况处理路径

1. 若土地承包经营权应属妻子或夫妻共同所有

• 协商变更登记：若母亲同意，可共同向发包方（村委会或集体经济组织）提出变更申请，重新签订承包合同并办理土地承包经营权证变更登记。需提供户口簿、结婚证、原承包合同等证明材料。
• 行政程序纠正：若协商不成，可向乡镇人民政府或县级农业农村部门申请行政调解，要求纠正登记错误。根据《农村土地承包经营权证管理办法》，登记错误可依法更正。
• 诉讼确认权属：若行政程序无法解决，可向法院提起民事诉讼，请求确认妻子对承包地的共有权或夫妻共同财产权，并要求发包方协助办理变更登记。

2. 若土地承包经营权确属母亲个人所有

• 尊重登记效力：若土地承包时妻子未纳入家庭户（如婚前母亲单独承包），或承包合同明确约定由母亲个人承包，则登记在母亲名下具有法律效力，妻子无权主张变更。
• 协商使用或收益分配：若妻子实际参与土地经营（如耕种、管理），可与母亲协商签订内部协议，明确使用方式或收益分配比例，避免后续纠纷。
• 继承问题预留空间：若母亲去世，妻子作为法定继承人（需符合继承法规定），可依法继承母亲承包地上的权益（如剩余承包期内的收益权），但需注意承包地本身不能继承，仅能继承权益。

三、关键注意事项

1. 证据收集：无论选择哪种途径，均需收集户口簿、承包合同、土地承包经营权证、家庭成员关系证明等材料，以证明权属或实际使用情况。
2. 程序合规：变更登记需严格遵循《农村土地承包法》及地方实施细则，避免因程序瑕疵导致无效。
3. 家庭和谐优先：农村土地问题常涉及家庭关系，建议优先通过协商、调解解决，减少矛盾升级风险。

温馨提示：农村土地承包经营权问题涉及法律、政策及地方实践，具体操作需结合当地规定。若仍有疑问，可直接向我咨询，我会结合您的实际情况提供更详细的解决方案。