独立法人的公司一般不能直接起诉其自身的法人（这里假设“法人”指的是公司的法定代表人或法人代表），但在特定情况下，公司可以追究法定代表人的法律责任。以下是对这一问题的详细分析：
一、公司独立法人地位与起诉主体资格
独立法人地位：根据《中华人民共和国公司法》及相关法律规定，公司作为独立法人，拥有独立的财产权、经营权和诉讼权。这意味着公司可以以自己的名义进行民事活动，包括起诉和应诉。
起诉主体资格：通常情况下，公司作为原告起诉时，需要明确被告的身份。在大多数情况下，被告是公司以外的其他主体，如其他公司、个人或组织。因此，从一般意义上讲，公司不会直接起诉其自身的法定代表人，因为法定代表人在法律上代表公司行使职权，其行为通常被视为公司行为。
二、特定情况下公司追究法定代表人法律责任
尽管公司一般不会直接起诉其法定代表人，但在某些特定情况下，公司可以追究法定代表人的法律责任。这些情况主要包括：
法定代表人损害公司利益：如果法定代表人利用职权损害公司利益，如侵占公司财产、挪用资金、违规担保等，公司可以通过内部程序（如股东会决议）或法律途径（如提起诉讼）追究其法律责任。在这种情况下，公司实际上是作为受害者，以自己的名义起诉法定代表人，要求其承担赔偿责任。
法定代表人违反法律或公司章程：如果法定代表人违反法律、行政法规或公司章程的规定，给公司造成损失的，公司也有权追究其法律责任。这同样可以通过内部程序或法律途径实现。
三、法律程序与注意事项
内部程序：在追究法定代表人法律责任之前，公司通常需要先通过内部程序进行调查和审议。这可能包括召开股东会或董事会会议，形成决议等。内部程序的目的是确保公司决策的合法性和合理性，并为后续的法律行动提供依据。
法律途径：如果内部程序无法解决问题或无法有效追究法定代表人的法律责任，公司可以考虑通过法律途径解决。这通常包括向法院提起诉讼或向相关监管机构投诉等。在提起诉讼时，公司需要准备充分的证据材料，以证明法定代表人的违法行为和给公司造成的损失。
注意事项：在追究法定代表人法律责任的过程中，公司需要注意保护自身权益和避免不必要的法律风险。例如，公司需要确保起诉行为的合法性和合理性，避免滥用诉讼权利；同时，公司也需要关注诉讼成本和时间成本等因素，合理规划诉讼策略。
如有具体法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。作为专业律师，我将根据您的具体情况提供详细的法律分析和建议。