落款是部门但盖的是总公司章，这种情况确实可能存在问题，具体分析如下：

1. 从合同效力角度：

   • 一般来说，合同或文件上的落款（即签署方）应当与盖章方一致，以体现签署方的真实意愿和身份。如果落款是某个部门，但盖章却是总公司，这可能会引发对合同主体身份的疑问。
   • 在法律上，总公司和其部门是两个不同的法律主体。部门通常不具备独立的法人资格，其民事行为（包括签订合同）通常需要由总公司来承担法律责任。因此，如果部门以自己的名义落款但盖了总公司的章，可能会被视为总公司对部门行为的认可或追认，但这并不改变合同主体身份可能存在的模糊性。
   • 如果合同或文件的内容明确表明了是总公司与另一方签订，且盖章也是总公司，那么即使落款写的是部门，该合同或文件在法律上仍然可能是有效的，但最好还是保持落款与盖章的一致性以避免不必要的纠纷。

2. 从内部管理角度：

   • 对于公司内部管理而言，部门使用总公司章进行签署可能违反了公司的印章管理制度。公司通常会对不同级别的印章（如总公司章、分公司章、部门章等）的使用范围和权限进行明确规定。
   • 如果部门未经授权擅自使用总公司章进行签署，这可能构成违规行为，甚至可能引发内部管理上的纠纷或法律责任。

3. 建议措施：

   • 确保落款与盖章一致：在签订合同或文件时，应确保落款方与盖章方完全一致，以避免身份模糊和法律纠纷。
   • 明确印章使用权限：公司应建立健全的印章管理制度，明确不同级别印章的使用范围和权限，并加强对印章使用的监督和管理。
   • 及时沟通确认：如果确实需要部门以总公司的名义进行签署，应事先与总公司进行沟通并获得明确授权，同时在合同或文件中明确说明这一情况。

总结来说，落款是部门但盖的是总公司章可能存在合同效力上的模糊性和内部管理上的违规风险。因此，在签订合同或文件时，应确保落款与盖章的一致性，并遵守公司的印章管理制度。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。