厂家扣代理商保证金是否合理，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从多个角度进行分析：

一、合同约定角度

1. 合同有明确约定：如果代理商与厂家签订的合同中明确规定了保证金的使用条件、扣除情形及程序，且代理商在签订合同时对此表示认可，那么厂家在符合合同约定的情况下扣除保证金是合理的。例如，合同中约定代理商若未完成约定的销售任务，厂家有权扣除一定比例的保证金作为违约金，此时厂家扣除保证金的行为就具有合同依据。

2. 合同无明确约定或约定不明：如果合同中没有明确约定保证金的使用条件、扣除情形及程序，或者约定不明确，那么厂家擅自扣除保证金就可能缺乏合同依据，此时代理商有权要求厂家返还保证金，并可能要求厂家承担违约责任。

二、法律规定角度

1. 合法性原则：根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规，合同双方应当遵循合法、公平、诚实信用的原则订立和履行合同。如果厂家扣除保证金的行为违反了法律法规的强制性规定，或者违背了公序良俗，那么该行为就是不合法的，代理商有权要求厂家返还保证金。

2. 违约金合理性：即使合同中约定了保证金扣除条款，但如果扣除的金额过高，超出了实际损失的范围，那么该条款可能因显失公平而被认定为无效或可撤销。根据《民法典》第五百八十五条的规定，约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。

三、实际操作角度

1. 沟通协商：在厂家扣除保证金后，代理商首先应当与厂家进行沟通协商，了解扣除保证金的具体原因和依据。如果厂家能够提供合理的解释和证据，且符合合同约定和法律规定，那么代理商可以考虑接受该结果。

2. 法律途径：如果代理商认为厂家扣除保证金的行为不合理，且无法通过沟通协商解决争议，那么代理商可以通过法律途径来维护自己的合法权益。例如，代理商可以向人民法院提起诉讼，要求厂家返还保证金并承担违约责任；或者向仲裁机构申请仲裁，根据仲裁裁决来维护自己的权益。

四、建议与提醒

1. 仔细审查合同：在签订代理合同时，代理商应当仔细审查合同条款，特别是关于保证金的使用条件、扣除情形及程序等条款，确保自己的权益得到充分保障。

2. 保留证据：在合作过程中，代理商应当妥善保留与厂家之间的往来函件、交易记录等证据材料，以便在发生争议时能够提供有力的证据支持自己的主张。

3. 及时咨询：如果代理商对厂家扣除保证金的行为存在疑问或争议，应当及时咨询专业律师的意见，以便更好地维护自己的合法权益。

综上所述，厂家扣代理商保证金是否合理需根据合同约定、法律规定以及实际操作情况来综合判断。如果您对此存在疑问或争议，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见。