代理机构收取保证金是否合法，不能一概而论，需结合具体情况及法律规定来判断。以下从不同角度进行分析：
合法情形
法定保证金类型：
- 在政府采购等特定领域，法律明确规定了可以收取的保证金类型，如投标保证金、履约保证金。例如，《中华人民共和国政府采购法实施条例》第三十三条规定，招标文件要求投标人提交投标保证金的，投标保证金不得超过采购项目预算金额的2%，且应以支票、汇票、本票或者金融机构、担保机构出具的保函等非现金形式提交。在此情形下，代理机构按照法律规定收取保证金是合法的。
合同约定且不违法：
- 若代理机构与委托人之间通过合同明确约定了保证金的收取，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么代理机构收取保证金也是合法的。这种约定通常出现在商业合作、服务代理等合同中，作为保障合同履行的一种方式。
非法情形
违规增收无依据费用：
- 代理机构若违规增收没有法律依据的投标费用，如公证费、质量保证金（货物、服务）等，则属于非法行为。例如，《云南省财政厅关于进一步规范政府采购相关收费行为的通知》明确规定，政府采购活动原则上不进行公证，确需公证的，公证费用由采购人支付，不得向供应商转嫁。
未按规定退还保证金：
- 代理机构未按照法定时限退还保证金，也构成违法。同样根据《中华人民共和国政府采购法实施条例》第三十三条，采购人或者采购代理机构应当自中标通知书发出之日起5个工作日内退还未中标供应商的投标保证金，自政府采购合同签订之日起5个工作日内退还中标供应商的投标保证金。
限制保证金缴纳形式：
- 代理机构若限制保证金缴纳的形式，如要求以现金形式缴纳，或者限制非现金形式的缴纳方式，也违反了法律规定。根据前述条例，投标保证金应当以非现金形式提交。
法律建议
- 审查合同条款：在与代理机构签订合同时，应仔细审查合同条款，确保保证金收取的约定合法、合规。
- 了解法律规定：在涉及保证金收取时，应了解相关法律规定，确保代理机构的行为不违反法律强制性规定。
- 及时维权：若发现代理机构违规收取保证金，应及时通过法律途径维权，如向相关部门投诉、提起诉讼等。
若您遇到代理机构收取保证金的问题，且不确定其合法性，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见。