自动离职时，用人单位是否扣除工资及扣除多少，需根据具体情况分析，不能一概而论。以下从不同角度为你详细阐述：
一、不扣工资的情况
- 法律规定：依据《工资支付暂行规定》第九条，劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。
- 适用情形：劳动者按照法定程序办理离职手续，如正式员工提前30日以书面形式通知用人单位，试用期员工提前3日通知，并妥善完成工作交接，用人单位应全额支付工资。
- 实例说明：小张按公司规定提前30日提交书面辞职申请并完成交接，离职时公司应全额支付其工资。
二、可能扣工资的情况
- 因劳动者过错造成损失
- 法律规定：《工资支付暂行规定》第十六条规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。
- 扣除限制：每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20％。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 实例说明：小赵因操作失误导致产品报废，给公司造成了一定经济损失，公司可按要求从其工资中扣除一定金额用于赔偿，但须遵守扣除限制。假设小赵当月工资为5000元，公司最多只能扣除1000元（5000×20%），若扣除后剩余工资低于当地最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 未提前通知且未办理交接
- 法律原则：虽无直接法律规定允许因此扣工资，但若劳动者未提前通知且未办理交接导致用人单位损失，用人单位有权要求赔偿。
- 实际操作：用人单位在核算损失后，可要求劳动者赔偿，赔偿方式可能涉及从工资中扣除，但仍需遵循扣除限制。
- 实例说明：小孙突然离职未办理交接导致项目延误，公司有权要求其赔偿相应损失，可能会从其工资中扣除一部分。假设公司因项目延误损失了2000元，且小孙当月工资为6000元，公司最多只能扣除1200元（6000×20%），若扣除后剩余工资不低于当地最低工资标准，则按扣除1200元后的金额支付。
- 劳动合同或规章制度有明确规定
- 法律规定：如果劳动合同或用人单位规章制度中明确规定了自动离职时的工资处理办法（如扣除违约金、赔偿金或按旷工处理等），且这些规定合法、合理，不违反相关法律法规，那么用人单位有权按照约定或规定执行。
- 实例说明：小钱与公司签订的劳动合同中明确约定，若员工自动离职，公司有权扣除其当月工资的30%作为违约金。若小钱自动离职，公司可按照合同约定扣除其工资，但同样需确保扣除后的工资不低于当地最低工资标准。
三、劳动者权益保护
- 用人单位在扣除工资时，必须确保所扣除的工资部分有明确的法律依据或合同依据，不能随意克扣。
- 劳动者如果认为用人单位以自动离职为由克扣了不应扣除的工资，可以通过向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁等合法途径来维护自己的权益。
总结来说，自动离职时工资扣除情况复杂多样，需根据具体情况判断。如果你有关于自动离职工资扣除的具体问题或遭遇了相关纠纷，可以直接向我咨询，我会为你提供更具体的法律意见和帮助。