当机车司机（这里我们理解为机动车司机，以更广泛地涵盖相关情况）身故后，关于赔偿问题，我们需要从多个方面进行综合考虑，以确保赔偿的合理性和合法性。以下是对这一问题的详细解答：
一、保险赔偿
交强险赔偿：
- 无论司机是否身故，只要车辆投保了交强险，保险公司就应在责任限额内进行赔偿。交强险的责任限额通常包括死亡伤残赔偿限额（如18万元，具体数额可能因地区和政策而异）、医疗费用赔偿限额（如1.8万元）和财产损失赔偿限额（如0.2万元）。
商业险赔偿：
- 若车辆还投保了商业第三者责任险，交强险赔偿不足的部分将按商业险合同约定进行赔偿。但需注意，商业险赔偿可能受保险条款限制，如酒驾、无证驾驶等违法行为可能导致保险公司拒赔。
二、司机遗产的赔偿
以遗产进行赔偿：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，继承人需在继承遗产范围内清偿被继承人的债务。因此，若司机身故后留有遗产，且赔偿金额在其遗产范围内，则继承人需用遗产进行赔偿。
继承人放弃继承：
- 若继承人放弃继承，则无需对司机的债务负责。此时，受害人可通过法律程序直接以司机的遗产获得赔偿，但赔偿金额以遗产价值为限。
三、其他赔偿主体的责任
职务行为：
- 若司机在执行工作任务时发生事故并身故，根据法律规定，用人单位应承担侵权责任。这意味着，如果司机是在为雇主工作期间发生事故，雇主可能需要承担赔偿责任。
车辆挂靠关系：
- 当车辆存在挂靠情况时，挂靠人和被挂靠人需对事故损害承担连带责任。这适用于那些将车辆挂靠在某个单位或个人名下，但实际使用和管理由另一方负责的情况。
车辆租赁、借用等情形：
- 根据法律规定，若机动车所有人、管理人与使用人不是同一人，且机动车一方有责任，则由使用人承担赔偿责任；所有人、管理人有过错的，也需承担相应责任。这适用于车辆被租赁或借用给他人使用，并发生事故的情况。
四、综合建议
事故调查与沟通：
- 在处理赔偿问题时，应积极配合交警部门的事故调查工作，查明事故原因和责任归属。同时，保持与对方（如受害者家属、保险公司等）的沟通和协商，寻求双方都能接受的解决方案。
法律咨询：
- 若保险赔偿和司机遗产不足以覆盖全部损失，或面临复杂的法律问题（如责任划分、赔偿标准等），建议及时咨询专业律师。律师可以提供专业的法律意见和帮助，探讨其他赔偿途径或法律援助。
综上所述，机车司机身故后的赔偿问题需要综合考虑保险赔偿、司机遗产情况以及其他可能的赔偿主体。通过遵循相关法律法规和原则，并积极寻求专业帮助，可以确保赔偿问题的合理解决。