当员工怀孕且合同到期时，根据我国的相关法律规定，用人单位必须续签劳动合同，将合同期限顺延至孕期、产期、哺乳期（即“三期”）期满为止。这是为了保障女性员工在特殊时期的合法权益，确保她们不会因合同到期而失去工作。

具体来说，根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十五条的规定，劳动合同期满时，如果女职工正处于孕期、产期、哺乳期内，那么劳动合同应当自动续延至相应的情形消失时终止。也就是说，如果女员工的合同到期时间恰逢或在其“三期”之内，合同需延续至“三期”结束。

然而，也存在一些特殊情况。如果女员工存在《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条所列举的严重过错情形，如试用期间不符合录用条件、严重违反公司规章制度、严重失职造成重大损害等，那么公司有权解除劳动合同，并且无需支付经济补偿金。

因此，在处理这类问题时，公司应首先审查女员工是否确实处于“三期”内，并确认是否存在可以合法解除合同的特殊情形。如果不存在特殊情形，公司应遵循法律规定，续延劳动合同至“三期”结束。

总的来说，员工怀孕合同到期时，用人单位应当续签劳动合同，以保障女性员工的合法权益。同时，公司也应注意识别和处理可能存在的特殊情形，确保决策既合法又合理。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律咨询，建议咨询专业的法律顾问或律师。