关于物流终端自用柴油是否合法的问题，这主要取决于具体的操作是否符合相关法律法规和安全管理规定。
首先，从梅州市印发的《梅州市加强企业自储自用柴油安全管理规定》来看，该规定明确规范了工矿、建筑、港口、码头、物流等企业自储自用柴油及其装置设施的安全管理。根据这一规定，物流企业如果确实需要自用柴油，并且满足以下条件，那么自储自用柴油是合法的：
企业确实有需求：物流企业需要证明其自用柴油是出于实际运营需要，而非其他非法目的。
柴油储存场所设置在企业生产场地范围内：这确保了柴油的储存不会对外部环境造成安全隐患，同时也便于企业进行日常管理和监控。
柴油只能是企业自用，不得为非本企业车辆提供加油服务：这一规定防止了柴油的非法流通和滥用，确保了柴油使用的合法性和安全性。
此外，企业自储自用的形式也有明确规定，包括符合条件的储存容器、埋地油罐及加油设施、撬装式加油装置等。如果企业需要设置自用柴油加油装置，还需要落实规划、建设、环保、安全、消防等法律法规和有关标准规范的规定。
然而，如果物流企业未经批准或许可，擅自从事柴油的储存、运输或销售活动，或者将柴油用于非自用目的，如为非本企业车辆提供加油服务，那么这些行为就是违法的，并可能触犯《中华人民共和国刑法》中的危险作业罪等相关条款，面临法律制裁。
因此，物流终端自用柴油是否合法，关键在于企业是否严格遵守了相关法律法规和安全管理规定。如果企业能够确保自用柴油的储存、运输和使用都符合规定，那么自储自用柴油就是合法的；否则，就是违法的，并可能面临严重的法律后果。