借款能否抵股权转让款，需要具体情况具体分析。以下是根据不同情况给出的详细解答：
如果双方当事人主张抵销，且符合法定抵销条件：
- 根据《中华人民共和国民法典》第五百六十八条，当事人互负债务，且该债务的标的物种类、品质相同的，任何一方可以将自己的债务与对方的到期债务抵销。因此，如果借款债务和股权转让债务均属于金钱债务，且双方同意抵销，那么借款是可以抵股权转让款的。
如果借款债务与股权转让债务性质不同，或存在不得抵销的情形：
- 在这种情况下，借款不能直接抵股权转让款。因为根据法律规定，某些债务因其性质或当事人约定，是不得抵销的。此外，即使债务种类相同，但如果存在其他不得抵销的情形（如法律规定、当事人约定等），也不能进行抵销。
如果借款是公司向股东提供的，且违反公司法规定：
- 根据《中华人民共和国公司法》及相关司法解释，公司不得直接或者通过子公司向董事、监事、高级管理人员提供借款。如果公司向股东提供了借款，且该借款行为违反了公司法规定，那么该借款合同可能无效。在这种情况下，借款债务本身就存在问题，更不能用来抵销股权转让款。
实际案例中的处理：
- 在实际案例中，法院可能会综合考虑借款债务和股权转让债务的具体情况，包括债务的性质、金额、到期时间等因素，来判断是否可以抵销。如果法院认为抵销会损害公司或其他债权人的利益，或者违反法律、行政法规的强制性规定，那么抵销行为可能会被认定为无效。
综上所述，借款能否抵股权转让款需要根据具体情况来判断。如果双方当事人同意抵销，且符合法定抵销条件，那么借款是可以抵股权转让款的。但如果存在不得抵销的情形，或者借款债务本身存在问题（如违反公司法规定），那么抵销行为可能会被认定为无效。因此，在进行抵销前，建议双方当事人充分沟通并咨询专业律师的意见。