个人给物流企业送货时扣除增值税9%（或特定比例）是否合法，这主要取决于送货方是否为一般纳税人以及具体的税务处理方式。以下从不同角度进行分析：

1. 送货方为一般纳税人：

   • 如果送货方是一般纳税人，并且其提供的送货服务属于增值税应税服务，那么按照税法规定，送货方应当按照规定的税率（如9%，但具体税率可能因服务内容、时间等因素有所变化）计算并缴纳增值税。
   • 在这种情况下，如果物流企业要求送货方在结算货款时扣除增值税，这实际上是送货方在履行其纳税义务，将应缴纳的增值税从货款中扣除并上缴给税务机关。这种做法在税务上是合法的，但前提是送货方必须按照税法规定正确计算和缴纳增值税，并且物流企业要求扣除的增值税额必须与送货方实际应缴纳的增值税额相符。

2. 送货方为小规模纳税人或非增值税纳税人：

   • 如果送货方是小规模纳税人或非增值税纳税人，那么其提供的送货服务可能不适用增值税，或者适用较低的征收率。
   • 在这种情况下，物流企业要求送货方扣除增值税（特别是按照一般纳税人的税率扣除）可能是不合法的，因为送货方本身并不需要缴纳那么多增值税。如果物流企业强行扣除，送货方有权拒绝，并可以向税务机关举报物流企业的违法行为。

3. 税务处理方式的合规性：

   • 无论送货方是一般纳税人还是小规模纳税人，物流企业在要求扣除增值税时，都必须确保税务处理的合规性。这包括正确计算增值税额、及时上缴税款、保留完整的税务凭证等。
   • 如果物流企业在税务处理上存在违规行为（如虚开增值税发票、偷逃税款等），那么不仅送货方有权拒绝其不合理要求，物流企业还可能面临税务机关的处罚。

法律建议：

• 对于送货方而言，在签订送货合同时，应明确约定税务处理方式，包括增值税的承担方、计算方式、缴纳时间等，以避免后续产生纠纷。
• 如果物流企业要求扣除的增值税额不合理或存在违规行为，送货方有权拒绝，并可以向税务机关举报。
• 对于物流企业而言，应确保税务处理的合规性，避免因为税务问题而引发法律风险。

可能后果：

• 如果送货方或物流企业在税务处理上存在违规行为，可能面临税务机关的处罚，包括罚款、滞纳金等。
• 在严重情况下，还可能涉及刑事责任，如逃税罪等。

综上所述，个人给物流企业送货时扣除增值税是否合法，取决于送货方的纳税人身份以及具体的税务处理方式。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。