军方卧底在执行任务时打死了自己人，任务结束后该负的责任需根据具体情况来判定，可能涉及刑事责任、军事纪律责任以及民事赔偿责任。以下是对这一问题的详细分析：
一、刑事责任
故意杀人罪：
- 如果卧底在执行任务时，明知打死的是自己人，却出于故意（直接故意或间接故意）实施了杀人行为，那么该卧底可能构成故意杀人罪。根据《中华人民共和国刑法》第二百三十二条，故意杀人的，处死刑、无期徒刑或者十年以上有期徒刑；情节较轻的，处三年以上十年以下有期徒刑。
过失致人死亡罪：
- 如果卧底在执行任务时，由于疏忽大意或过于自信的过失，导致打死自己人，那么该卧底可能构成过失致人死亡罪。根据《中华人民共和国刑法》第二百三十三条，过失致人死亡的，处三年以上七年以下有期徒刑；情节较轻的，处三年以下有期徒刑。本法另有规定的，依照规定。
特殊情况下的刑事责任豁免：
- 在某些特殊情况下，如卧底在执行紧急任务时，因无法预见或无法避免的原因导致打死自己人，可能不构成犯罪或构成犯罪但免予刑事处罚。这需要根据具体案情和法律规定进行综合判断。
二、军事纪律责任
违反军事纪律：
- 无论卧底是否构成刑事犯罪，其打死自己人的行为都可能违反军事纪律。军事纪律是军队内部为了维护秩序和战斗力而制定的一系列规章制度，违反军事纪律可能受到军纪处分，如警告、记过、降级、撤职等。
军事法庭审判：
- 对于严重违反军事纪律的行为，可能由军事法庭进行审判。军事法庭的审判程序和标准与普通法院有所不同，但同样遵循法律原则和程序正义。
三、民事赔偿责任
赔偿义务：
- 如果卧底的行为导致自己人死亡，且该行为构成侵权（如过失致人死亡），那么卧底或其所在单位可能需要承担民事赔偿责任。赔偿范围包括但不限于死亡赔偿金、丧葬费、被扶养人生活费等。
赔偿主体：
- 在民事赔偿方面，如果卧底是在执行职务过程中导致他人死亡，且该行为属于职务行为，那么赔偿义务主体可能是卧底所在单位（如军队）。如果卧底的行为超出职务范围或存在故意或重大过失，那么卧底本人也可能需要承担部分或全部赔偿责任。
四、综合考量因素
在判定军方卧底在执行任务时打死自己人应负的责任时，需要综合考虑以下因素：
- 行为性质：是故意还是过失，是职务行为还是个人行为。
- 后果严重程度：是否导致严重后果，如死亡、重伤等。
- 主观恶性程度：行为人的主观恶性大小，如是否有预谋、是否明知故犯等。
- 社会影响：行为对社会的影响程度，如是否引发公众关注、是否损害军队形象等。
总结来说，军方卧底在执行任务时打死自己人，任务结束后该负的责任需根据具体情况来判定。如果构成刑事犯罪，将依法追究刑事责任；如果违反军事纪律，将受到军纪处分；如果构成侵权，将承担民事赔偿责任。在处理此类案件时，应综合考虑行为性质、后果严重程度、主观恶性程度和社会影响等因素，确保公正、合理地处理案件。如有具体法律问题，可以直接向我咨询。