结论：工厂因门口应急信号灯违法而对员工罚款是否合理，需分情况讨论。一般情况下，工厂无权直接对员工进行罚款，但若罚款行为基于合法有效的规章制度，且符合特定条件，则可能被视为合理。以下是对此问题的详细分析：
一、工厂罚款的合法性基础
法律原则：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关法律法规，用人单位并非行政机关，不具有行政处罚权，因此一般情况下无权直接对员工进行罚款。罚款作为一种行政处罚措施，只能由法律、法规或者规章设定，并由具有行政处罚权的行政机关在法定职权范围内实施。
例外情况：
- 如果工厂的规章制度中明确规定了因员工违反安全规定（如应急信号灯违法等）而可以采取的罚款措施，并且该规章制度已经过民主程序制定、公示或告知员工，且内容不违反法律、行政法规及政策规定，那么在特定条件下，工厂可能依据这些规章制度对员工进行罚款。但即便如此，罚款的数额也应合理，且不得超过法定限额。
二、应急信号灯违法的法律责任
工厂的法律责任：
- 如果工厂门口的应急信号灯违法（如未设置、设置不符合标准或未保持完好有效等），工厂可能面临行政处罚，如罚款、责令改正等。这是工厂作为公共场所管理者或使用者的法律责任。
员工的法律责任：
- 员工个人通常不会因工厂门口的应急信号灯违法而直接承担法律责任，除非员工个人故意破坏或违规操作导致应急信号灯违法。在这种情况下，员工可能面临相应的法律责任，但工厂直接对员工进行罚款仍需依据合法有效的规章制度。
三、工厂罚款的合理性分析
规章制度合法性：
- 工厂罚款的合理性首先取决于其规章制度的合法性。如果规章制度未经民主程序制定、未公示或告知员工，或者内容违反法律、行政法规及政策规定，那么工厂依据这些规章制度对员工进行罚款就是不合法的。
罚款数额合理性：
- 即使工厂的规章制度合法有效，罚款的数额也应合理。罚款数额过高可能被视为对员工权益的侵害，不符合劳动法的立法目的。
程序正当性：
- 工厂在实施罚款时，应遵循正当程序，如告知员工罚款的原因、依据和数额，听取员工的陈述和申辩等。如果工厂未遵循正当程序，那么罚款行为也可能被视为不合理。
四、建议
对于员工：
- 如果工厂因门口应急信号灯违法而对员工进行罚款，员工应首先查看工厂的规章制度，确认罚款行为是否依据合法有效的规章制度进行。如果认为罚款行为不合理或违法，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
对于工厂：
- 工厂应确保门口的应急信号灯符合法律法规要求，避免因此面临行政处罚。同时，在制定规章制度时，应遵循民主程序、公示或告知员工，并确保内容合法合规。在实施罚款时，应遵循正当程序，确保罚款行为的合理性和合法性。
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