结论前置：针对您提出的问题，若公司持有员工违法证据且阻止员工离职，员工可依法行使离职权利，并可通过法律途径维护自身权益。以下从多个角度为您详细分析：
一、员工离职的法定权利
根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，员工享有离职的法定权利。具体来说：
预告离职：员工在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同；在试用期满后，提前三十日以书面形式通知用人单位，同样可以解除劳动合同。这是员工离职的常规方式，无需用人单位同意。
即时离职：若用人单位存在未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件、未及时足额支付劳动报酬、未依法为劳动者缴纳社会保险费等违法行为，员工可以立即解除劳动合同，无需提前通知。
二、公司阻止员工离职的合法性分析
公司持有违法证据的影响：公司持有员工违法证据，并不构成阻止员工离职的合法理由。员工的违法行为应由相关执法机关依法处理，与员工离职的权利无直接关联。公司不能以此为由限制员工的离职自由。
公司阻止离职的违法性：若公司无正当理由阻止员工离职，可能构成对员工离职权利的侵犯。员工有权向劳动行政部门投诉，要求公司纠正违法行为，并可能因此获得相应的赔偿。
三、员工应对策略
与公司协商：员工可以尝试与公司进行协商，明确表达离职意愿，并要求公司按照法律规定办理离职手续。在协商过程中，员工可以保持冷静和理性，避免情绪化行为。
向劳动行政部门投诉：若协商无果，员工可以向当地劳动行政部门投诉公司的违法行为。劳动行政部门将依法进行调查处理，并可能对公司进行处罚。
申请劳动仲裁或提起诉讼：若公司仍然拒绝办理离职手续，员工可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司确认劳动关系解除并办理相关手续。对仲裁结果不服的，员工还可以向人民法院提起诉讼。
四、法律后果与风险提示
公司可能面临的法律后果：若公司因阻止员工离职而被认定为违法行为，可能面临劳动行政部门的处罚，包括罚款、责令改正等。同时，公司还可能因侵犯员工离职权利而承担民事赔偿责任。
员工应注意的风险：在离职过程中，员工应注意保留相关证据，如离职申请、与公司协商的记录、投诉材料等。这些证据将在后续的法律程序中发挥重要作用。同时，员工应遵守法律法规和公司规章制度，避免因自身行为不当而引发不必要的法律纠纷。
总结与建议：面对公司持有违法证据并阻止离职的情况，员工应首先明确自己的离职权利，并尝试与公司进行协商。若协商无果，可以向劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁、提起诉讼。在整个过程中，员工应保持冷静和理性，依法维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。