结论：保理利息补贴让开具工程发票是否违法，需根据具体情况判断，若不存在真实交易背景或虚构交易以开具发票，则可能构成违法；若存在真实交易背景且符合相关税收和发票管理规定，则一般不违法。以下从不同角度进行分析：

一、存在真实交易背景的情况

在保理业务中，如果保理利息补贴是基于真实的保理交易，且该保理交易与工程业务存在真实的关联（例如，保理融资是用于支付工程款项等），同时开具工程发票也是基于真实的工程业务交易，那么在这种情况下，开具工程发票并不违法。关键在于，发票的开具必须基于真实的交易背景，且符合税收和发票管理的相关规定。

法律背景：

• 根据《中华人民共和国发票管理办法》的规定，开具发票应当按照规定的时限、顺序、栏目，全部联次一次性如实开具，并加盖发票专用章。任何单位和个人不得有下列虚开发票行为：（一）为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；（二）让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；（三）介绍他人开具与实际经营业务情况不符的发票。

建议：

• 在开具工程发票时，应确保发票内容与实际工程业务相符，包括工程名称、工程量、工程价款等关键信息。
• 保留好与保理业务和工程业务相关的合同、付款凭证等证据，以证明发票的真实性和合法性。

二、不存在真实交易背景或虚构交易的情况

如果保理利息补贴并非基于真实的保理交易，或者保理交易与工程业务无真实关联，而是为了开具工程发票而虚构的交易，那么在这种情况下，开具工程发票就可能构成违法。这种行为可能涉嫌虚开发票，违反税收和发票管理的相关规定。

法律后果：

• 根据《中华人民共和国发票管理办法》的规定，虚开发票的，由税务机关没收违法所得；虚开金额在1万元以下的，可以并处5万元以下的罚款；虚开金额超过1万元的，并处5万元以上50万元以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
• 如果虚开发票的行为同时涉及逃税等其他违法行为，还可能面临更严重的法律后果。

建议：

• 避免为了开具发票而虚构交易或提供虚假信息。
• 如果对保理业务和工程业务的税收和发票管理规定不熟悉，建议咨询专业的税务或法律人士，以确保合规操作。

三、特殊情况下的考虑

在某些特殊情况下，即使存在真实的交易背景，也可能因为不符合特定的税收或发票管理规定而构成违法。例如，如果工程业务属于应税项目但未按规定申报纳税，或者开具的发票不符合规定的格式或要求等。

建议：

• 在开具工程发票前，应了解并遵守相关的税收和发票管理规定。
• 如果对相关规定不熟悉或存在疑问，应及时咨询税务机关或专业律师以获取准确的指导和建议。

总结：保理利息补贴让开具工程发票是否违法，需根据具体情况判断。在存在真实交易背景且符合相关税收和发票管理规定的情况下，一般不违法；但在不存在真实交易背景或虚构交易的情况下，则可能构成违法。因此，在开具工程发票时，应确保发票的真实性和合法性，并遵守相关的税收和发票管理规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。