核心结论：工程竣工时若缺少材料合格证，需根据具体情况采取补救措施，包括补办手续、质量检测、协商整改或承担法律责任。以下是具体分析：

1. 补办或补充材料合格证
   若材料本身质量合格，但因疏忽未留存合格证，可联系供应商或生产厂家补办。需提供采购合同、付款凭证、材料批次号等证明材料，证明该批次材料符合质量标准。若供应商拒绝配合，可依据《民法典》第六百一十五条（出卖人义务）要求其承担违约责任。

2. 委托第三方质量检测
   若无法补办合格证，可委托具有资质的检测机构对材料进行抽样检测，出具检测报告。若检测结果符合国家标准或合同约定，可将检测报告作为质量证明文件，替代合格证。但需注意，检测费用可能由责任方承担（如因施工方未验收导致缺失，费用由施工方承担）。

3. 与建设单位协商整改
   若材料合格证缺失且检测结果不合格，需与建设单位协商整改方案。根据《建设工程质量管理条例》第二十八条，施工单位对材料质量负责，需承担更换材料、返工等费用。若因建设单位指定供应商导致问题，可依据《民法典》第八百零三条（发包人责任）主张免责或追偿。

4. 法律风险与责任承担

   • 行政责任：若工程因材料问题未通过竣工验收，住建部门可能依据《建设工程质量管理条例》第五十八条，责令改正并处工程合同价款2%-4%的罚款。
     
   • 民事责任：若材料问题导致工程质量缺陷，建设单位可依据《民法典》第八百零二条（承包人责任）要求施工单位赔偿损失，包括修复费用、工期延误损失等。
     
   • 刑事责任：若材料以次充好导致重大安全事故，可能触犯《刑法》第一百三十七条（工程重大安全事故罪），责任人需承担刑事责任。

建议：立即梳理材料采购、验收记录，评估缺失合格证的影响范围，优先通过补办或检测解决问题。若涉及纠纷，可整理合同、付款凭证、沟通记录等证据，向我进一步咨询具体维权策略。