在被告缺席选鉴定机构的情况下，一般不能直接以原告单方摇号的结果为准，但具体需结合案件实际情况和法院的操作流程来判断。以下从不同角度进行分析：

一、法律原则与程序公正

在司法鉴定程序中，选择鉴定机构应当遵循公平、公正、公开的原则，确保双方当事人的合法权益得到保障。如果被告缺席选鉴定机构，而直接以原告单方摇号的结果为准，这可能违反了程序公正的原则，因为被告未能参与到鉴定机构的选择过程中，其权益可能受到损害。

二、法院的操作流程与规定

1. 法院主导选择：在实际操作中，法院通常会主导鉴定机构的选择过程。如果被告缺席，法院可能会根据案件情况，采取其他方式来确定鉴定机构，如指定、随机抽取等，而非直接以原告单方摇号的结果为准。
2. 通知与参与：法院在选定鉴定机构前，一般会通知双方当事人到场参与选择。如果被告因故缺席，法院可能会记录在案，并考虑被告的意见（如果被告之前有提交书面意见或通过其他方式表达）后，再作出决定。
3. 重新选择或补充程序：在某些情况下，如果被告缺席导致鉴定机构选择程序无法顺利进行，法院可能会决定重新选择鉴定机构，或者采取其他补充程序来确保程序的公正性。

三、实际操作中的变通与例外

1. 双方协商一致：如果双方当事人在被告缺席的情况下，能够就鉴定机构的选择达成一致意见，那么法院可能会尊重双方的协商结果，并以此为准。
2. 紧急情况下的处理：在紧急情况下，如涉及生命健康、财产安全等紧迫问题，法院可能会根据案件需要，直接指定鉴定机构，以确保案件的及时审理。但这种情况通常较为特殊，且需要法院在事后对选择鉴定机构的合理性进行说明。

四、法律后果与救济途径

1. 对鉴定结果的异议：如果被告认为鉴定机构的选择程序不合法或鉴定结果不公正，其可以在收到鉴定报告后，向法院提出异议，并申请重新鉴定或补充鉴定。
2. 上诉与申诉：如果被告对法院的判决或裁定不服，其还可以依法提起上诉或申诉，通过上级法院的审理来维护自己的合法权益。

建议：在实际操作中，如果被告因故缺席选鉴定机构，原告或法院应当及时与被告沟通，了解其缺席的原因和意见，并尽量通过协商或其他方式来确定鉴定机构。如果无法达成一致意见，法院应当根据案件情况和法律规定，采取公正、合理的方式来确定鉴定机构，以确保案件的公正审理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。