关于离职为何有时被要求提前3个月申请的问题，这实际上涉及到了劳动合同法以及具体劳动合同条款的约定。首先，我们需要明确的是，根据《劳动合同法》的规定，劳动者在正常情况下离职，只需提前30天以书面形式通知用人单位即可，试用期则需提前3天。这是法律对劳动者离职权利的基本保障。
然而，在实际操作中，有些公司可能会在劳动合同中约定更长的离职提前通知期，比如要求员工提前3个月提出离职申请。这种约定是否合法呢？这主要取决于该约定是否违反了法律的强制性规定，以及是否加重了劳动者的责任。
法律强制性规定：
- 《劳动合同法》第三十七条明确规定，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。这是法律对劳动者离职提前通知期的最低要求，用人单位不能通过合同约定来缩短这一期限，但也不能随意延长，除非这种延长是基于合理的商业考虑，并且不违反法律的强制性规定。
加重劳动者责任：
- 如果劳动合同中约定的离职提前通知期明显长于法律规定的期限，并且这种延长没有合理的商业理由，或者加重了劳动者的责任，那么这种约定可能是无效的。例如，在您提到的案例中，公司要求马小姐提前3个月提出离职，否则要承担违约责任，这种约定就违反了法律的强制性规定，因此是无效的。
特殊情况下的约定：
- 当然，也存在一些特殊情况，比如某些关键岗位的员工，其离职可能会对公司造成重大影响。在这种情况下，公司可能会与员工协商约定更长的离职提前通知期，以确保公司有足够的时间来寻找替代人员或进行其他必要的安排。但这种约定必须是双方自愿、平等协商的结果，并且不能违反法律的强制性规定。
总结来说：
- 正常情况下，劳动者离职只需提前30天（试用期3天）以书面形式通知用人单位。
- 如果劳动合同中约定了更长的离职提前通知期，需要判断该约定是否合法、合理，并且不加重劳动者的责任。
- 如果公司要求员工承担因未提前足够时间离职而产生的违约责任，这种约定必须是基于合理的商业考虑，并且不违反法律的强制性规定，否则可能是无效的。
因此，如果您遇到公司要求提前3个月提出离职申请的情况，建议您先仔细审查劳动合同中的相关条款，并咨询专业的法律人士或劳动仲裁机构，以确定该约定的合法性和有效性。如果认为该约定不合法或不合理，您可以依法维护自己的权益。