付款时扣除利息是否合法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度为你详细分析：
一、合同有明确约定的情况
合法情形：
- 如果双方当事人在合同中明确约定了付款时可以扣除利息，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么这种扣除利息的行为是合法的。例如，在借款合同中，双方约定借款人逾期还款时，出借人有权从还款中扣除一定比例的利息作为违约金或逾期利息，这种约定在合法范围内是有效的。
注意事项：
- 约定的利息率应当合理，不得超过法定上限。根据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》，民间借贷的利率保护上限为一年期贷款市场报价利率（LPR）的四倍。如果约定的利息超过这个上限，超出部分的利息将不受法律保护。
二、合同无明确约定的情况
非法情形：
- 如果双方当事人在合同中没有明确约定付款时可以扣除利息，那么一方擅自扣除利息的行为可能构成违约或侵权。例如，在买卖合同中，买方未按照约定支付货款，卖方擅自从货款中扣除利息，这种行为可能违反了合同约定，买方有权要求卖方返还被扣除的利息，并可能要求卖方承担违约责任。
特殊情况：
- 在某些特殊情况下，即使合同没有明确约定，也可能存在法定扣除利息的情形。例如，在金融借款合同中，如果借款人未按照约定用途使用借款或者未按时还款，银行可能根据相关规定或合同条款从借款人的账户中扣除利息或罚息。但这种情况通常需要在合同中有明确的约定或者符合相关法律法规的规定。
三、法律建议
审查合同条款：
- 在签订合同时，务必仔细审查合同条款，特别是关于利息、违约金、逾期利息等费用的约定。确保这些约定合法、合理，并明确双方的权利和义务。
保留证据：
- 在交易过程中，务必保留好相关证据，如合同、付款凭证、沟通记录等。这些证据在发生纠纷时将起到至关重要的作用。
及时咨询专业律师：
- 如果对合同条款或交易过程中的法律问题存在疑问，建议及时咨询专业律师。律师可以根据你的具体情况提供专业的法律意见和解决方案。
总结来说，付款时扣除利息是否合法取决于合同约定和法律规定。在签订合同时，务必明确约定相关条款；在交易过程中，务必遵守法律法规和合同约定。如有任何疑问或纠纷，建议及时咨询专业律师以获取专业的法律帮助。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律咨询，可以直接向我提问。