结论：超市在您补交漏刷款项后索赔3000元，这一索赔行为是否合法，需结合具体情况判断，若超市能证明其因您的漏刷行为遭受了实际损失，且该损失与您的行为有直接因果关系，同时索赔金额在合理范围内，则索赔可能合法；若无法证明实际损失或索赔金额明显不合理，则索赔可能不合法。
分析说明：
超市索赔的法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。在此案例中，若您的故意漏刷行为被认定为过错行为，且该行为给超市造成了实际损失，那么超市有权要求您承担赔偿责任。
实际损失的证明：
- 超市需要证明其因您的漏刷行为遭受了实际损失。这通常包括但不限于商品的成本、超市因处理此事而产生的额外费用（如人工费、调查费等）以及因漏刷导致的潜在销售损失（如该商品若正常销售可能带来的利润）。若超市无法提供充分证据证明其实际损失，则其索赔可能缺乏法律依据。
索赔金额的合理性：
- 即使超市能够证明其遭受了实际损失，索赔金额也必须在合理范围内。在此案例中，您漏刷的总价格为500元，超市索赔3000元，这一金额是否合理需根据超市的实际损失情况来判断。若超市的实际损失远低于3000元，则其索赔金额可能被视为过高，缺乏合理性。
您的行为性质：
- 您的行为被描述为“故意漏刷”，若这一描述被证实，则您的行为可能构成故意侵权。故意侵权与过失侵权在法律责任上有所不同，故意侵权者通常需要承担更重的法律责任。然而，即使您的行为构成故意侵权，超市的索赔金额也仍需在合理范围内。
行动建议：
- 与超市协商：您可以尝试与超市进行协商，了解其索赔的具体依据和计算方式，看是否能够达成一个双方都能接受的赔偿金额。
- 寻求法律援助：若您认为超市的索赔缺乏法律依据或金额过高，您可以寻求法律援助，咨询专业律师的意见，了解自己的权利和义务，以及可能的法律后果。
- 保留证据：无论您选择何种方式应对，都请务必保留好相关证据，如购物小票、监控录像等，以备不时之需。
后续思考：
- 在日常生活中，我们应遵守法律法规，诚实守信，避免故意或过失侵害他人权益。
- 若遇到类似纠纷，应保持冷静，理性应对，通过合法途径维护自己的权益。
- 超市等商家也应加强内部管理，完善监控系统，以减少类似事件的发生。