在建设项目“三同时”制度执行过程中，若企业存在违法行为，确实有可能会处罚企业主要负责人，但具体是否处罚以及处罚的力度，需根据违法行为的性质、情节及后果等因素综合判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、建设项目“三同时”制度概述
建设项目“三同时”制度，即建设项目的安全设施、职业病防护设施和环境保护设施，必须与主体工程同时设计、同时施工、同时投入生产和使用。这一制度旨在确保建设项目在投入生产和使用时，其安全、职业病防护和环境保护设施能够符合国家相关标准和要求，从而保障劳动者的生命安全和身体健康，以及环境的安全。
二、处罚企业主要负责人的法律依据
《中华人民共和国安全生产法》：
- 该法规定，生产经营单位的主要负责人未履行本法规定的安全生产管理职责，导致发生生产安全事故的，由安全生产监督管理部门依照下列规定处以罚款：
- 发生一般事故的，处上一年年收入百分之三十的罚款；
- 发生较大事故的，处上一年年收入百分之四十的罚款；
- 发生重大事故的，处上一年年收入百分之六十的罚款；
- 发生特别重大事故的，处上一年年收入百分之八十的罚款。
- 若企业主要负责人未依法保证安全生产所必需的资金投入，致使生产经营单位不具备安全生产条件的，同样会受到相应的处罚。
《中华人民共和国环境保护法》：
- 该法规定，企业事业单位和其他生产经营者违反法律法规规定排放污染物，造成或者可能造成严重污染的，县级以上人民政府环境保护主管部门和其他负有环境保护监督管理职责的部门，可以查封、扣押造成污染物排放的设施、设备。
- 若企业主要负责人对环境违法行为负有直接责任，同样可能受到行政处罚，甚至刑事处罚。
《中华人民共和国职业病防治法》：
- 该法规定，用人单位的主要负责人对本单位的职业病防治工作全面负责。若用人单位违反本法规定，造成重大职业病危害事故或者其他严重后果，构成犯罪的，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法追究刑事责任。
三、处罚企业主要负责人的具体情形
未履行安全生产管理职责：
- 若企业主要负责人未依法履行安全生产管理职责，导致建设项目在“三同时”过程中存在安全隐患或违法行为，且该隐患或违法行为直接导致了生产安全事故的发生，那么企业主要负责人将受到相应的行政处罚或刑事处罚。
未保证安全生产资金投入：
- 若企业主要负责人未依法保证安全生产所必需的资金投入，致使建设项目在“三同时”过程中因资金不足而无法达到国家相关标准和要求，从而引发安全事故或环境污染事件，那么企业主要负责人同样将受到处罚。
对环境违法行为负有直接责任：
- 若建设项目在“三同时”过程中存在环境违法行为，且企业主要负责人对此负有直接责任（如未按规定进行环境影响评价、未建设环保设施等），那么企业主要负责人将受到环境保护主管部门的行政处罚。
四、建议与措施
加强法律法规学习：
- 企业主要负责人应加强对安全生产、环境保护和职业病防治等相关法律法规的学习，确保自身具备足够的法律意识和合规意识。
完善内部管理制度：
- 企业应建立健全内部管理制度，明确各部门和人员的职责和权限，确保建设项目“三同时”制度的得到有效执行。
加强监督与检查：
- 企业应定期对建设项目“三同时”制度的执行情况进行监督和检查，及时发现并纠正存在的问题和隐患。
积极配合政府监管：
- 企业应积极配合政府相关部门的监管工作，如实提供相关资料和信息，接受政府部门的检查和指导。
如有任何关于建设项目“三同时”制度或相关法律问题的疑问，欢迎直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供更为详细和专业的法律建议。