结论：工程不通过总包，业主直接付款的合法性需分情况讨论，主要取决于合同约定、法律规定及实际履行情况。以下从不同角度详细分析：

一、合同约定角度

1. 合同有明确约定：

   • 若总包合同或相关协议中明确约定了业主可以直接向分包商或供应商付款，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，那么业主直接付款是合法的。这种约定通常出现在总包商资金紧张、业主为确保工程进度或质量而采取的特别措施等情形中。
   • 例子：总包合同中约定，若总包商未能按时支付分包商工程款，业主有权直接向分包商支付，并从总包商的工程款中扣除相应金额。

2. 合同无明确约定：

   • 若合同中未明确约定业主可以直接付款，那么业主直接付款可能构成违约或侵权，具体取决于总包商与分包商、供应商之间的法律关系及实际履行情况。
   • 法律后果：总包商可能因此遭受损失，并有权要求业主承担违约责任或赔偿损失。同时，分包商或供应商若接受了业主的直接付款，也可能面临与总包商之间的合同纠纷。

二、法律规定角度

1. 《民法典》相关规定：

   • 根据《民法典》中关于合同履行的规定，当事人应当按照约定全面履行自己的义务。若合同未约定业主可以直接付款，业主擅自付款可能违反合同约定，构成违约。
   • 同时，《民法典》也保护合同相对性原则，即合同关系只能发生在特定的主体之间，只有合同当事人一方能够向合同的另一方当事人基于合同提出请求或提起诉讼。业主直接向非合同相对方（如分包商、供应商）付款，可能破坏这一原则。

2. 特殊情形下的法律规定：

   • 在某些特殊情形下，如总包商破产、失踪或丧失履行能力等，业主可能根据法律规定或法院裁定，直接向分包商或供应商付款，以保障工程顺利进行或维护自身合法权益。

三、实际履行角度

1. 总包商同意或默许：

   • 若总包商在实际履行过程中同意或默许业主直接向分包商或供应商付款，且未提出异议，那么这种付款方式可能被视为双方对合同履行方式的变更或补充，具有法律效力。

2. 总包商反对或不知情：

   • 若总包商明确反对业主直接付款，或对此毫不知情，那么业主的直接付款行为可能构成对总包商权益的侵害，总包商有权要求业主停止付款并承担相应责任。

四、建议与风险提示

1. 对于业主：

   • 在决定直接付款前，应仔细审查合同条款，确保付款行为有合同依据或法律依据。
   • 与总包商进行充分沟通，取得其同意或理解，避免引发不必要的纠纷。
   • 保留好付款凭证及相关证据，以备不时之需。

2. 对于总包商：

   • 加强对合同的管理和审查，确保合同条款明确、具体，避免模糊或歧义。
   • 密切关注工程款的支付情况，及时发现并制止业主的违规付款行为。
   • 在必要时，通过法律途径维护自身合法权益。

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