不动产登记申请书中，若抵押权人有代理人，是否需要抵押权人签章需分情况讨论：

1. 若抵押权人已明确授权代理人代为办理不动产抵押登记相关事宜，且授权范围包含签章行为：
   在此情况下，代理人可依据授权委托书直接代抵押权人签章，无需抵押权人另行签章。但需注意，代理人签章时需同时提交经公证或符合法律规定的授权委托书原件，以证明其代理权限的合法性。若授权委托书未明确授权签章权限，或授权范围不明确，则可能被视为代理权限不足，导致签章无效。

2. 若抵押权人未明确授权代理人签章，或授权范围不包含签章行为：
   此时，抵押权人仍需亲自签章，或另行出具补充授权委托书明确授权代理人签章。若抵押权人无法亲自签章且未出具补充授权，则代理人无权代为签章，否则可能因越权代理导致签章无效，进而影响不动产抵押登记的效力。

实务建议：

• 抵押权人在出具授权委托书时，应明确代理人的代理权限范围，包括是否包含签章行为，以避免后续纠纷。
  
• 代理人办理不动产抵押登记时，应携带授权委托书原件及身份证明文件，以便登记机构核验代理权限。
  
• 若抵押权人或代理人对签章流程存在疑问，可提前向不动产登记机构咨询具体要求，确保签章行为符合登记规范。
  

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