综合工作制下，员工休婚假不应扣工资。以下从多个角度为你详细分析：

法律依据与解释

根据《劳动法》以及相关通知规定，劳动者在法定休假日、婚丧假以及依法参加社会活动期间，用人单位应当依法支付工资，确保员工的合法权益不受侵害。这一规定并未因工作制的不同（如综合工作制、标准工作制等）而有所区别。因此，无论员工实行何种工作制，在婚假期间都应享受带薪休假的权益。

婚假天数与工资待遇

1. 法定婚假：按照法定结婚年龄（女性20周岁，男性22周岁）结婚的员工，可享受3天的婚假。这是基本的婚假天数，所有符合条件的员工均有权享受。

2. 工资待遇：员工在婚假期间，单位应按照正常出勤对待，全额发放工资。具体工资标准应遵循以下原则确定：

   • 劳动合同中有约定的，按不低于劳动合同约定的工资标准确定；
   • 集体合同（工资集体协议）中确定了标准的，按该标准确定；
   • 既无劳动合同约定又无集体合同约定的，由用人单位与职工代表通过工资集体协商确定，并签订工资集体协议；
   • 若无任何约定，假期工资的计算基数统一按照员工本人所在岗位（职位）正常出勤的月工资的70%来确定（但实际操作中，多数单位会全额发放，具体以单位规定和劳动合同为准）。

综合工作制下的特殊情况

综合工作制是一种特殊的工作制度，它通常适用于因生产特点、工作特殊需要或职责范围的关系，无法按标准工作时间衡量或需要机动作业的职工。然而，这种工作制的特殊性并不影响员工在婚假期间的工资待遇。无论员工实行何种工作制，其婚假期间的工资待遇都应遵循上述法律规定和原则。

实际操作建议

• 了解单位规定：在休婚假前，建议员工先了解单位的相关规定和劳动合同中的约定，以确保自己的权益得到充分保障。
• 与单位沟通：如果单位在婚假期间扣发了工资，员工应及时与单位沟通，了解扣发的原因和依据，并要求单位按照法律规定支付工资。
• 维护合法权益：如果单位拒绝支付婚假工资或存在其他违法行为，员工可以通过向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼等方式来维护自己的合法权益。

综上所述，综合工作制下员工休婚假不应扣工资。如果遇到相关问题，欢迎直接向我咨询，我会为你提供更具体的法律建议和帮助。