关于公司停工是否要员工拿加班扣工资的问题，结论前置如下：
- 若公司停工停产在一个工资支付周期内：公司应按劳动合同规定的标准支付员工工资，此时不应扣除加班费（若存在加班费支付情况的话，该加班费作为工资组成部分应一并支付），因为这属于员工应得的正常工资报酬。
- 若公司停工停产超过一个工资支付周期：
- 员工提供了正常劳动：公司支付给员工的工资不得低于当地最低工资标准，同样，这里的工资也不应扣除原本应支付的加班费（若存在的话）。
- 员工未提供正常劳动：公司应按国家有关规定办理，通常按照不低于当地最低工资标准的一定比例（如70%等，具体比例依地区规定而定）或不低于当地的最低生活保障支付生活费，此时不涉及加班费问题，因为员工未提供加班劳动。
详细分析：
首先，我们需要明确的是，公司停工停产并不意味着可以随意扣除员工的工资。工资是员工因提供劳动而应得的报酬，其支付应遵循法律法规和劳动合同的约定。
一、停工停产在一个工资支付周期内
根据《工资支付暂行规定》第十二条，非因劳动者原因造成单位停工、停产在一个工资支付周期内的，用人单位应按劳动合同规定的标准支付劳动者工资。这意味着，在这个周期内，无论员工是否实际提供了劳动（当然，除了因公司原因导致的停工停产外，员工仍应遵守公司的合理工作安排），公司都应按照劳动合同约定的标准支付工资。如果劳动合同中约定了加班费作为工资的一部分，那么这部分加班费也应一并支付。
二、停工停产超过一个工资支付周期
员工提供了正常劳动：
- 在这种情况下，公司支付给员工的工资不得低于当地最低工资标准。这是为了保障员工的基本生活需求。同样，如果劳动合同中约定了加班费，且员工在停工停产期间仍然提供了加班劳动（虽然这种情况较为少见，因为停工停产通常意味着工作量的减少），那么公司也应支付相应的加班费。但更常见的是，停工停产期间员工可能不会提供加班劳动，因此加班费问题可能不突出。不过，从法律原则上看，如果加班劳动确实存在，公司应支付加班费。
员工未提供正常劳动：
- 如果停工停产超过一个工资支付周期，且员工未提供正常劳动，那么公司应按国家有关规定办理。这通常意味着公司需要按照不低于当地最低工资标准的一定比例（如70%等，具体比例依地区规定而定）或不低于当地的最低生活保障支付生活费。在这种情况下，由于员工未提供加班劳动，因此不涉及加班费问题。
建议与总结：
- 对于员工而言，如果公司停工停产并试图扣除工资或加班费，应首先查看劳动合同中的相关条款，了解自己的权益。
- 如果公司违反了法律法规或劳动合同的约定，员工有权向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
- 对于公司而言，应严格遵守法律法规和劳动合同的约定，确保员工的合法权益得到保障。在停工停产期间，应合理制定工资支付方案，以维护良好的劳动关系和企业形象。
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