结论前置：用人单位因员工旷工3天按自动离职处理并扣除9天工资的做法，通常是不合法的。以下从多个角度进行详细分析：

一、法律层面分析

1. 工资支付规定

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，用人单位不能随意扣除劳动者的工资，除非有合法的理由和依据。
   • 《工资支付暂行规定》第十六条也指出，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，且每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。这一规定限制了用人单位扣除工资的范围和比例。

2. 旷工与工资扣除

   • 员工旷工期间未提供劳动，用人单位可以不支付旷工期间的工资。但是，扣除的工资应当仅限于旷工期间，不能随意扩大扣除范围。例如，员工旷工3天，用人单位只能扣除这3天的工资，而不能扣除更多天数的工资。

二、自动离职的认定与处理

1. 自动离职的法律定义

   • “旷工3天自动离职”并非法律明确规定的内容，而是用人单位在规章制度中自行设定的。如果用人单位的规章制度没有经过民主程序制定并向劳动者公示，那么该规定对劳动者不具有约束力，不能作为解除劳动合同的依据。

2. 用人单位的正确处理方式

   • 当员工出现旷工行为时，用人单位应首先通过书面形式（如快递、电子邮件等）催告员工返岗上班，并告知其旷工的后果。若员工在规定时间内仍未返岗，用人单位可以依据经过民主程序和公示的规章制度，作出解除劳动合同的决定，并将解除决定送达员工。
   • 在解除劳动合同时，用人单位必须一次性支付劳动者应得的工资，不得因旷工而拒绝支付已工作天数的工资。

三、员工应对措施与维权途径

1. 核实规章制度合法性

   • 员工应查看用人单位的规章制度是否经过民主程序制定并向自己公示过。如果没有，可以主张该规定无效，并拒绝接受不合理的工资扣除。

2. 收集保留证据

   • 员工应保存好考勤记录、工资条、工作证等相关证据，以便在发生争议时维护自己的合法权益。这些证据可以证明员工的出勤情况、工资支付情况以及与用人单位的劳动关系等。

3. 申请劳动仲裁

   • 如果用人单位的做法不合法，员工可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位支付被克扣的工资及相应的经济补偿。劳动仲裁是解决劳动争议的一种有效方式，具有程序简便、效率高等特点。

四、具体案例与建议

• 案例：假设某员工因个人原因旷工3天，用人单位依据其规章制度认定该员工自动离职，并扣除9天工资。员工认为这一做法不合法，遂向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。仲裁委员会经审理认为，用人单位扣除的工资超过了旷工期间，且规章制度未经民主程序制定并向员工公示，因此裁决用人单位支付员工被克扣的工资及相应的经济补偿。
• 建议：用人单位在制定规章制度时应遵循法定程序，确保内容合法、合理，并向劳动者公示或告知。在处理旷工问题时，应综合考虑具体情况，避免一刀切的做法，体现人性化管理。同时，员工也应了解自己的权益和义务，在必要时寻求法律援助以维护自己的合法权益。

综上所述，用人单位因员工旷工3天按自动离职处理并扣除9天工资的做法是不合法的。员工在遇到此类情况时，应核实规章制度的合法性、收集保留证据，并可以通过申请劳动仲裁等方式来维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。