核心结论：员工自己刷单导致公司亏损5万，公司可通过内部处理、民事追偿、报警处理等多种途径解决，具体如下：

1. 内部处理

   • 调查核实：公司应立即启动内部调查程序，收集与刷单行为相关的证据，如交易记录、员工操作记录、沟通记录等，以确定刷单行为的具体情况，包括刷单的时间、金额、方式以及涉及的员工等。
   • 依据规章制度处理：查看公司的员工手册、规章制度等文件，若其中明确规定了禁止刷单行为以及相应的处罚措施，公司可依据这些规定对涉事员工进行处理，如警告、罚款、解除劳动合同等。在处理过程中，要确保程序合法合规，保障员工的合法权益，如提前通知员工、听取员工的陈述和申辩等。
   • 挽回损失措施：如果可能的话，公司可以尝试与刷单平台或相关方沟通，说明情况，争取追回因刷单导致的部分或全部损失。例如，如果刷单是通过虚假交易完成的，公司可以提供证据要求平台撤销相关交易或退款。

2. 民事追偿

   • 确定责任主体：如果内部处理无法完全挽回公司的损失，公司可以考虑通过民事诉讼的方式向涉事员工追偿。在这种情况下，需要明确员工的行为是否构成对公司财产权的侵害。一般来说，员工利用职务之便，通过刷单行为导致公司财产减少，可能构成侵权行为，公司有权要求员工承担赔偿责任。
   • 收集证据：为了支持民事诉讼，公司需要收集充分的证据来证明员工的刷单行为以及该行为与公司损失之间的因果关系。除了前面提到的内部调查收集的证据外，还可能需要其他相关证据，如财务审计报告、专家鉴定意见等。
   • 提起诉讼：在收集好证据后，公司可以向有管辖权的人民法院提起民事诉讼，要求涉事员工赔偿公司的损失。在诉讼过程中，要遵循法律程序，积极配合法院的审理工作，以维护公司的合法权益。

3. 报警处理

   • 判断是否构成犯罪：如果员工的刷单行为情节严重，可能涉嫌犯罪，如诈骗罪、职务侵占罪等。公司需要评估员工的行为是否符合相关犯罪的构成要件。例如，如果员工以非法占有为目的，通过刷单手段骗取公司的财物，数额较大的，可能构成诈骗罪；如果员工利用职务上的便利，将公司的财物非法占为己有，数额较大的，可能构成职务侵占罪。
   • 及时报警：如果认为员工的行为涉嫌犯罪，公司应及时向公安机关报案，并提供相关证据和线索，协助公安机关进行侦查。公安机关会根据具体情况进行调查取证，如果认定员工构成犯罪，会依法追究其刑事责任。同时，在刑事诉讼过程中，公司可以作为被害人参与诉讼，维护自己的合法权益。