在此种情况下，孩子抚养权一般会判归女方，但需结合具体条件综合判定。具体分析如下：
父母是未成年子女的法定监护人及抚养义务人
根据《民法典》第二十七条、第一千零七十二条，父母作为未成年子女的法定监护人，对子女负有抚养、教育和保护的义务。即使原离婚协议约定抚养权归男方，该约定仅在父母双方之间有效，不免除女方作为母亲的法定抚养义务。男方去世后，其法定抚养义务终止，此时需由另一法定监护人（即女方）承担抚养责任。
女方起诉要回抚养权期间男方去世的特殊情形
若女方在起诉变更抚养权期间男方去世，法院原则上无需再对原抚养权纠纷进行实体审理，而应直接依据法定监护规则确定抚养权归属。女方作为生母，在无其他法定监护人（如祖父母、外祖父母）且女方具备抚养能力的情况下，抚养权应自然归女方所有。
需综合考量女方抚养能力及子女意愿
若女方存在丧失抚养能力的情形（如严重疾病、丧失劳动能力等），或子女已满八周岁且明确表示不愿随女方生活，法院可能根据《民法典》第一千零八十四条第三款“子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿”的规定，结合最有利于未成年子女的原则，另行确定抚养权归属。但此类情形需女方或男方亲属提供充分证据证明，否则女方作为生母的优先抚养权不受影响。
建议：女方可持男方死亡证明、原离婚协议、自身抚养能力证明（如收入证明、居住条件证明等）向法院申请变更抚养权，或直接主张法定监护权。若涉及财产继承或男方亲属争养，需进一步结合继承法规则处理。如有具体证据或复杂情形，可向我详细说明，我将进一步分析。