拍卖公司拍卖的厂房是否合法，这并非一个简单的是非问题，而是需要结合具体情况进行综合判断。以下是我从多个角度为您进行的分析：
拍卖公司的资质与权限：
- 拍卖公司必须具备合法的拍卖资质，这是其进行拍卖活动的基本前提。您可以通过查询相关拍卖公司的营业执照、拍卖经营批准证书等文件，来确认其是否具备拍卖厂房的合法资格。
- 拍卖公司还需确认其是否获得了拍卖特定厂房的合法授权。这通常涉及到与厂房所有权人或相关权利人的委托拍卖协议。如果拍卖公司未经授权擅自拍卖厂房，那么其拍卖行为就是非法的。
厂房的产权状况：
- 厂房的产权必须清晰明确，不存在争议或纠纷。如果厂房存在产权纠纷，如共有权人之间的争议、抵押权与所有权的冲突等，那么拍卖公司在进行拍卖前必须解决这些纠纷，否则拍卖行为可能因产权不清而无效。
- 您可以通过查询厂房的产权证书、登记簿等文件，来确认厂房的产权状况。如果厂房存在产权纠纷，建议您在拍卖前咨询专业律师，以评估拍卖的合法性和风险。
拍卖程序的合法性：
- 拍卖公司必须按照法律规定的程序进行拍卖活动。这包括发布拍卖公告、展示拍卖标的、组织竞买人报名、进行拍卖竞价等环节。如果拍卖公司违反法定程序进行拍卖，那么其拍卖行为可能因程序违法而无效。
- 您可以通过关注拍卖公告、参与拍卖活动等方式，来监督拍卖程序的合法性。如果发现拍卖公司存在程序违法行为，您可以及时向相关部门举报或寻求法律救济。
特殊情况下的合法性判断：
- 在某些特殊情况下，如法院强制执行拍卖、破产清算拍卖等，拍卖公司的拍卖行为可能受到特定法律程序的约束和监督。在这些情况下，拍卖的合法性通常更容易得到保障。
- 如果您对特定情况下的拍卖合法性存在疑问，建议您咨询专业律师，以获取更具体的法律意见。
法律建议：
- 在参与拍卖前，务必对拍卖公司的资质、厂房的产权状况以及拍卖程序的合法性进行充分了解和确认。
- 如果您对拍卖的合法性存在疑问或担忧，建议您咨询专业律师，以获取更具体的法律指导和建议。
- 在拍卖过程中，务必遵守相关法律法规和拍卖规则，以维护自己的合法权益。
可能存在的法律后果：
- 如果拍卖公司的拍卖行为非法，那么您作为竞买人可能面临拍卖无效、无法取得厂房所有权等风险。
- 如果您因参与非法拍卖而遭受损失，您有权向拍卖公司或相关责任人追究法律责任，并要求赔偿损失。
综上所述，拍卖公司拍卖的厂房是否合法，需要结合具体情况进行综合判断。如果您对此存在疑问或担忧，建议您直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供更具体的法律意见和指导。